根据《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术 · 2020版）》统计分析，2019年《云南农业大学学报（自然科学）》的复合总被引频次为2 336，基础研究型统计源期刊总被引频次为1 321，复合即年指标为0.155，期刊综合即年指标为0. 123，其他各项指标如下表所示：
| 年份 | 复合影响因子 | 期刊综合影响因子 | 基础研究影响因子 | 5年复合影响因子 | 基金论文比例 | 他引总引比 |
| 2015 | 0.853 | 0.625 | 0.594 | 0.977 | 0.93 | 0.96 |
| 2016 | 0.962 | 0.669 | 0.634 | 1.077 | 0.98 | 0.96 |
| 2017 | 0.796 | 0.590 | 0.565 | 1.002 | 0.99 | 0.96 |
| 2018 | 0.884 | 0.669 | 0.621 | 0.973 | 1.00 | 0.96 |
| 2019 | 0.932 | 0.749 | 0.684 | 0.961 | 0.99 | 0.96 |
