根据《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术 · 2021版）》统计分析，2020年《云南农业大学学报（自然科学）》的复合总被引频次为2 224，基础研究型统计源期刊总被引频次为1 370，复合即年指标为0.156，期刊综合即年指标为0. 130，其他各项指标如下表所示：
| 年份 | 复合影响因子 | 期刊综合影响因子 | 基础研究影响因子 | 5年复合影响因子 | 基金论文比 | 他引总引比 |
| 2016 | 0.962 | 0.669 | 0.634 | 1.077 | 0.98 | 0.96 |
| 2017 | 0.796 | 0.590 | 0.565 | 1.002 | 0.99 | 0.96 |
| 2018 | 0.884 | 0.669 | 0.621 | 0.973 | 1.00 | 0.96 |
| 2019 | 0.932 | 0.749 | 0.684 | 0.961 | 0.99 | 0.96 |
| 2020 | 0.987 | 0.748 | 0.703 | 0.998 | 0.99 | 0.96 |
