中国蓝舌病病毒血清15型毒株的全基因组测序与进化分析
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关键词:
- 蓝舌病病毒血清15型 /
- 全基因组测序 /
- 系统进化分析 /
- 地域型
Complete Genome Characterization of Bluetongue Virus Serotype 15 in China
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蓝舌病(bluetongue，BT)是蓝舌病病毒(bluetongue virus, BTV)感染牛、羊等动物引起的一种严重侵害反刍动物的烈性出血性传染病，主要流行于热带、亚热带及温带地区。病毒主要通过雌性库蠓(Culicoides spp.)对牛、羊和骆驼等反刍动物的吸血性叮咬进行传播[1]。BT的爆发和流行给牛羊养殖业造成严重的经济损失，导致牛羊出口贸易受限，影响畜产品正常国际贸易，据估计全球每年导致的经济损失高达30亿美元[2]。世界动物卫生组织(OIE)将BT列为法定报告的动物疫病，中国也将本病列为一类动物疫病。
BTV隶属呼肠病毒科(Reoviridae)环状病毒属(Orbivirus)，病毒基因组大小约20 kb，由10个基因节段(Seg-1~Seg-10)的双链RNA (double strand RNA，dsRNA)构成，可编码VP1~VP7等7种结构蛋白以及NS1、NS2、NS3、NS3a和NS4等5种非结构蛋白[3-4]。BTV的内部核心由RNA依赖的RNA聚合酶(VP1)、加帽酶(VP4)、解旋酶(VP6)与基因组dsRNA组成[5]，内层衣壳由Seg-3与Seg-7编码的VP3与VP7蛋白共同构成，虽然VP3与VP7蛋白具有高度保守的特性，但Seg3与Seg7核酸序列在不同地域分离的BTV毒株间却存在着变异，并可据此将BTV分为东方型毒株(Eastern)与西方型毒株(Western)两种地域型[6]。BTV的外层衣壳由Seg-2与Seg-6编码的VP2与VP5蛋白构成，其中VP2蛋白是诱导机体产生中和抗体的蛋白，决定着BTV的血清型[7]。BTV的Seg-2/VP2与Seg-6/VP5具有丰富的遗传多样性，目前世界范围报道了27种血清型BTV (BTV-1~BTV-27)[8-10]。BTV血清型众多，不同血清型毒株之间缺乏交叉免疫保护，给疫病的防控带来了严峻的挑战[11]。
BTV-15型流行于非洲、中东地区、澳大利亚与中国。澳大利亚流行BTV-15型毒株的全基因组测序结果显示其Seg-3与Seg-4构成了一个独立的地域型：远东型(Far-eastern)，提示BTV-15型毒株在进化上的独特性[12]。本实验室在1996—1997年从中国云南省分离到BTV-15型毒株，但对毒株遗传背景的掌握仅限于Seg-2与Seg-10基因节段[13-14]。基因组序列信息的缺乏，限制了对流行于中国的BTV-15型毒株的起源与病毒基因重配等关键信息的掌握。为分析中国BTV-15型毒株的进化特征以及与世界范围BTV-15型毒株之间的关系，本研究采用全长cDNA扩增技术(full length cDNA application，FLAC)[15]与高通量测序技术(next generation sequencing，NGS)对中国1996年分离的BTV-15型毒株B105/YN/1996进行全基因组扩增与测序，研究结果可为掌握中国BTV的演化和诊断试剂的开发提供科学依据。
1. 材料与方法
1.1 细胞株与毒株
BHK-21细胞(仓鼠肾细胞)由本实验室保存。B105/YN/1996毒株于1996年分离自云南省普洱市的哨兵牛(sentinel cattle)，通过血清中和试验鉴定病毒为BTV-15型。
1.2 引物
用于与dsRNA 5′ 末端磷酸基团连接的锚定引物：5′-GACCTCTGAGGATTCTAAAC/iSp9/TCCAGTTTAGAATCC-3′ 和dsRNA病毒全基因组PCR扩增引物5-15-1：5′-GAGGGATC CAGTTTAGAATCCTCAGAGGTC-3′ 均参照MAAN等[15]报道的序列，由上海生物工程有限公司合成。
1.3 RNA的提取
将病毒接种于75 cm2细胞瓶中生长为单层的BHK-21细胞，待细胞出现完全细胞病变后收集细胞沉淀，使用RNA提取试剂RNAiso-Plus (大连宝生物公司)按操作说明提取细胞总RNA，取5 μL总RNA以1.5%的琼脂糖凝胶进行电泳观察。
1.4 病毒基因组dsRNA的纯化
为获取高纯度的病毒基因组dsRNA，采用核糖核酸酶S1 (大连宝生物公司)降解的方式除去宿主细胞的单链RNA (single strand RNA, ssRNA)，方法为：以90 μL水溶解提取核酸，在提取的总RNA加入核糖核酸酶S1 Buffer 10 μL 和核糖核酸酶S1 (180 U/μL) 2 μL，于37 ℃保温30 min，随后使用Monarch RNA Cleanup Kit纯化试剂盒 (NEB公司)参照说明书进行核酸纯化，取5 μL纯化后的病毒基因组dsRNA以1.5%的琼脂糖凝胶进行电泳观察。
1.5 病毒基因组的扩增
取10 μL纯化后的病毒基因组dsRNA，参照MAAN等[15]报道的FLAC技术进行病毒全基因组cDNA合成。取5 μL完成变性与复性处理的cDNA为模板，使用高保真DNA聚合酶(大连宝生物公司)按说明书推荐的反应体系进行PCR扩增。PCR扩增程序如下：94 ℃预变性3 min；94 ℃变性30 s，60 ℃复性30 s，68 ℃延伸4 min，30个循环。反应结束后，取5 μL PCR扩增产物电泳检测dsRNA病毒基因组扩增的完整程度。
1.6 NGS测序
使用DNA纯化试剂盒 (大连宝生物公司)对扩增的BTV基因组DNA产物进行纯化。使用Illumina公司TruSeq DNA Sample Prep Kit v2 DNA文库构建试剂盒进行文库的构建(150 bp)，将构建的文库在Illumina HiSeq 2500测序平台上进行测序。使用Trimmomatic软件和FastQC软件[16]对获取的原始数据进行质量控制与滤过处理(Q>20)，使用Cap3软件[17]、PRICE (v140408)软件[18]以及IGV软件(v2.3.34)[19]对滤过后的测序最小单位(读长，reads)进行从头组装(de nove)，获得B105/YN/1996毒株完整基因组的Seg-1~Seg-10基因节段。
1.7 病毒的序列分析与系统发生树构建
使用NCBI网站中的在线ORF分析软件(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/)分析B105/YN/1996毒株各个基因节段编码氨基酸序列，使用BLAST软件(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)分析B105/YN/1996与世界范围BTV毒株核酸和氨基酸序列的相似度。使用MAFFT[20]进行核酸序列的比对，采用MEGA X软件以邻近法[21]进行系统发生树的构建，选择的参数为p-distance，自举检验值(bootstraps)取值为1 000。
2. 结果与分析
2.1 病毒基因组dsRNA的提取与纯化
由图1a可知：从病毒感染细胞中提取的BTV基因组dsRNA含有大量的宿主ssRNA短片段，经核糖核酸酶S1处理后有效提高了提取BTV基因组dsRNA的纯度，同时BTV基因组dsRNA仍保持良好的完整型，为采用FLAC技术进行BTV全基因组的RT-PCR扩增提供了基础。
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图 1 BTV dsRNA及全基因组扩增产物电泳注：1. 未做处理的dsRNA；2. S1核糖核酸酶处理的dsRNA；3. BTV-15全基因组扩增产物；M. DL 5000 Marker。Figure 1. Electrophoresis of the BTV dsRNA and complete genome amplification productNotes: 1. untreated dsRNA; 2. DsRNA treated by S1 ribonuclease; 3. complete genome amplification product of BTV-15; M. DL 5000 Marker.2.2 病毒的全基因组扩增与NGS测序
通过FLAC技术在1个PCR反应中完成了B105/YN/1996毒株全基因组扩增，电泳结果(图1b)显示：各基因节段PCR产物的大小在0.8~4 kb。将纯化后的全基因组PCR产物在Illumina Hiseq 2500 平台上进行NGS测序与测序结果的de nove拼接，共获取11 832 636条reads，通过数据过滤处理后得到了10 729 401条 reads (Q>20)，其中99.98%的reads被进一步组装形成了10个重叠群(contigs)，每个contigs上单碱基位点的平均测序深度均大于5 000×，表明成功对B105/YN/1996毒株基因组进行深度测序。
2.3 基因组序列特征分析
获取的B105/YN/1996毒株基因组序列全长为19 154 bp，10个基因节段的G+C含量在42.37%~48.96%，长度在822 bp (Seg-10)~3 944 bp (Seg-1)之间，编码蛋白的氨基酸残基数在216 (NS3a)~1 302 (VP1)之间。非编码区(non-coding regions，NCR)占基因组的4.07%，各基因节段5′端NCR的长度在8 bp (Seg-4)~34 bp (Seg-5)之间，3′ UTR的长度均大于5′端UTR，其长度在24 bp (Seg-1)~133 bp (Seg-10)之间，各个节段的5′ 与3′ NCR区均具有5′-GUUAAAA…….ACACUUAC-3′的保守序列(表1)，并具有环状病毒属末端特有的5′-GU…….UAC-3′序列特征[22]。BLAST比对分析结果显示：BTV-15B105/YN/1996毒株与澳大利亚的BTV-15型毒株、印度毒株BTV-1型以及中国BTV-4和BTV-15型毒株具有最近的亲缘关系，各基因节段的核酸与编码氨基酸序列相似度在90.17%/94.54% (Seg-2/VP2) ~99.90%/99.43% (Seg-7/VP7)之间(表2)。
表 1 B105/YN1996毒株基因组与编码蛋白的特征Table 1. Characteristics of B105/YN1996 genome segments and their encoded proteins基因节段
gene segment长度/bp
sizeORF 区
ORFs编码蛋白
protein蛋白大小
protein
lengthG+C 含量/%
G+C
content5′ NCR 长度/bp
length
of 5′ NCR3′ NCR 长度/bp
length
of 3′ NCR5′ 和3′ NCR末端序列
terminal sequences
of 5′ and 3′ NCRGenBank 登录号
GenBank
accession No.Seg-1 3944 12-3920 VP1 1302 42.37 11 24 5′-GUUAAAAUG......ACACUUAC-3′ MH346491 Seg-2 2902 17-2875 VP2 952 43.07 16 27 5′-GUUAAAAGU......AAACUUAC-3′ MH346492 Seg-3 2772 18-2723 VP3 901 45.38 17 49 5′-GUUAAAUUU......ACACUUAC-3′ MH346493 Seg-4 1981 9-1943 VP4 644 43.72 8 39 5′-GUUAAAACA......AAACUUAC-3′ MH346494 Seg-5 1763 35-1693 NS1 527 42.82 34 124 5′-GUUAAAAAA......CAACUUAC-3′ MH346495 Seg-6 1639 28-1611 VP5 552 44.97 27 28 5′-GUUAAAAAG......ACACUUAC-3′ MH346496 Seg-7 1154 18-1067 VP7 349 48.96 17 87 5′-GUUAAAAAU......AAACUUAC-3′ MH346497 Seg-8 1125 20-1084 NS2 354 44.44 19 41 5′-GUUAAAAAA......ACACUUAC-3′ MH346498 Seg-9 1052 16-1008 VP6 330 47.91 15 44 5′-GUUAAAAAA......ACACUUAC-3′ MH346499 Seg-10 822 20-709 NS3 229 46.47 19 133 5′-GUUAAAAAG......ACACUUAC-3′ MH346500 59-709 NS3a 216 表 2 B105/YN1996毒株全基因组序列BLAST分析Table 2. Sequence comparisons of B105/YN1996 genome by BLAST analyses基因节段
gene segment与 B105/YN1996 毒株各基因节段具有最近亲缘关系的毒株
closest strain with B105/YN1996 genome segment毒株
isolateGenBank 登录号
GenBank accession No.血清型
serotype国家
country序列相似度/% (核酸/氨基酸)
sequence identity (nt/aa)Seg-1/VP1 2012-38 KY485076 BTV-15 澳大利亚 Australia 96.93/99.23 Seg-2/VP2 2012-38 MF384479 BTV-15 澳大利亚 Australia 90.17/94.54 Seg-3/VP3 2012-38 MH346493 BTV-15 澳大利亚 Australia 97.33/99.33 Seg-4/VP4 2012-38 MH346493 BTV-15 澳大利亚 Australia 97.10/98.29 Seg-5/NS1 IND1992/02 KP696529 BTV-1 印度 India 99.09/99.82 Seg-6/VP2 2012-38 MF384727 BTV-15 澳大利亚 Australia 96.71/99.24 Seg-7/VP7 V447 AF172830 BTV-15 中国 China 99.90/99.43 Seg-8/NS2 YTS4 JX560420 BTV-4 中国 China 97.68/98.02 Seg-9/VP6 Y863 KC879623 BTV-1 中国 China 97.71/96.67 Seg-10/NS3 V447 AF135228 BTV-15 中国 China 99.87/99.13 2.4 中国BTV-15型毒株的Seg-2与Seg-6系统发生树分析
B105/YN/1996与BTV-15型参考毒株(BTV-15/RSArrrr) Seg2/VP2序列相似度为74.2%/81.1%，而与其他血清型参考毒株的序列相似度最高仅为52.2%/45.4%。根据Seg-2序列构建的系统发生树显示：27种血清型BTV的Seg-2分为A~L等12种基因型，其中BTV-15型毒株构成独立的基因J型(图2a)，与其他基因型BTV的Seg-2/VP2序列相似度在41.7%/26.1% (基因C型)~52.2%/45.4% (基因G型)之间。在系统发生树上，中国与澳大利亚毒株BTV-15型毒株的Seg-2聚为东方型，Seg-2/VP2序列相似度最高为88.5%/94.5%，与非洲与以色列等西方型毒株之间最高仅为74.2%/81.1% (图2a)。
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图 2 BTV-15型毒株(B105/YN/1996) Seg-2 和Seg-6 系统发生树注：黑点表示本研究使用的B105/YN/1996毒株；A~L代表基因型。Figure 2. Phylogenetic tree for Seg-2 and Seg-6 gene segments of BTV-15 (B105/YN/1996)Notes: Black dots indicate the B105/YN/1996 used in this study; A-L represent 12 genotypes.BTV Seg-6序列构建的系统发生树(图2b)表明：27种血清型BTV的Seg-6可分为A~I等9种基因型，其中BTV-15型毒株的Seg-6构成了独立的F基因型，与其他血清型参考毒株的核酸序列相似度在57.4%~96.7%，VP5氨基酸序列相似度在55.9%~99.2%。与Seg-2系统发生树上观察到的结果类似，世界范围BTV-15型的Seg-6可分为东方与西方两种地域型。中国与澳大利亚BTV-15型毒株聚为东方型，Seg-6序列相似度为90.6%与96.7%，VP5序列相似度为98.2%与99.2%；与西方型的非洲和以色列BTV-15毒株的Seg-6核酸序列相似度在80.1%~80.4%，VP5氨基酸序列相似度在95.6%~96.2%。
2.5 中国BTV-15型毒株的Seg-3与Seg-4系统发生树分析
中国BTV-15型B105/YN/1996毒株的Seg-3/VP3与澳大利亚的BTV-15型毒株具有最近的亲缘关系，序列相似度分别为90.5%/98.5%与97.3%/99.3%，与中东、非洲BTV-15毒株核酸相似度在79.3%~79.8%，氨基酸序列相似度在96.6%~96.8%。在系统发生树上，中国分离的BTV-1、BTV-2、BTV-4、BTV-12、BTV-16与BTV-21型均为东方型，而中国与澳大利亚毒株BTV-15型毒株的Seg-3形成了1个新的独立的远东型分支(图3a)，与东方型毒株的核酸序列相似度在80.4%~81.5%，氨基酸序列相似度在96.4%~97.5%。
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图 3 BTV-15型毒株(B105/YN/1996) Seg-3和Seg-4系统发生树注：“●”表示本研究使用的B105/YN/1996毒株；“■”表示中国分离的BTV毒株；其他国家分离的BTV毒株序列以“GenBank序列号_BTV-血清型_分离国家_病毒分离时间”表示；下同。Figure 3. Phylogenetic tree for Seg-3 and Seg-4 gene segments of BTV-15 (B105/YN/1996)Notes: “●” indicates the B105/YN/1996 strain used in this study; “■” indicates the BTV strains isolated from China; BTV strains isolated from other countries were indicated as “GenBank accession No._BTV serotype_isolation country_ isolation time”; the same as below.中国BTV-15型B105/YN/1996毒株的Seg-4/VP4与澳大利亚2012年分离的BTV-15型毒株具有最近的亲缘关系，核酸与氨基酸序列相似度为97.1%/98.2%，与中东和非洲BTV-15毒株序列Seg-4核酸序列相似度为79.3%~80.2%，VP4氨基酸序列相似度在93.0%~93.1%。Seg-4构建的系统发生树的结果与Seg-3的系统发生树类似(图3b)，BTV-15型中国毒株与澳大利亚2012年分离BTV-15型毒株共同构成了远东型，与其他东方型毒株的核酸序列相似度在79.0%~83.6%，氨基酸序列相似度在93.0%~95.0%。值得注意的是，澳大利亚1982年分离的BTV-15型毒株的Seg-4为东方型(图3b)，表明该毒株的Seg-4基因节段很可能发生了基因重配。
2.6 中国BTV-15型毒株的Seg-7与Seg-10系统发生树分析
虽然VP7蛋白的氨基酸序列在BTV之间高度保守，但Seg-7序列在BTV毒株间具有较高的变异度，可将其分为东方-1~3以及西方-1~7等10种地域型，显示Seg-7的遗传多样性。中国BTV-15型毒株B105/YN/1996显示出与澳大利亚毒株最近的亲缘关系，核酸序列相似度分别为92.4%与96.9%，而氨基酸序列相似度均为99.4%。中国与澳大利亚BTV-15型毒株的Seg-7在系统发生树上形成1个独立的东方-1型(图4a)，与属于西方-5型的中东、非洲毒株的核酸序列相似度在81.4%~81.9%，氨基酸序列相似度在98.2%~98.3%。
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图 4 BTV-15型毒株(B105/YN/1996) Seg-7和Seg-10系统发生树Figure 4. Phylogenetic tree for Seg-7 and Seg-10 gene segments of BTV-15 (B105/YN/1996)在系统发生树上，中国、印度、日本与澳大利亚不同血清型BTV毒株的Seg-10聚为东方-1型；中国1996年与1997年分离的2株BTV-15型毒株构成了独立的东方-2型(图4b)，二者Seg-10/NS3序列高度相似(99.9%/99.6%)，与东方-1型毒株的Seg-10核酸序列相似度在82.6%~87.3%，NS3蛋白质氨基酸序列相似度在96.9%~98.6%。
3. 讨论
1996—2017年，本实验室在中国不同地区先后分离到共计12种血清型BTV (BTV-1、-2、-3、-4、-5、-7、-9、-12、-15、-16、-21和-24)，表明中国流行BTV血清型的多样型与复杂性[22-26]。掌握中国BTV流行血清型毒株的全基因组序列，不仅可掌握中国流行BTV的血清型，也为BTV诊断检测技术的开发、BTV毒株遗传与演化特征等方面的研究提供数据。
基因重配是基因组分节段RNA病毒进化的主要动力，可对病毒的感染特性和传播特性产生重要的影响[27]。自然界中，不同血清型或地域型的BTV毒株共感染同一宿主动物的情况十分普遍，而BTV毒株之间的基因重配可发生在任意1个节段上，使得BTV呈现出高度的遗传多样性[28]。通过对B105/YN/1996毒株的全基因组测序发现：B105/YN/1996毒株的Seg-1、-2、-3、-4和-6与澳大利亚2012年分离的BTV-15型毒株之间具有最近亲缘关系；该毒株的Seg-5却与印度BTV-1型IND1992/02毒株高度相似，在系统发生树上与印度毒株聚为一簇，处于印度支系的内部；Seg-8与Seg-9则与中国同一时期流行的BTV-1型Y863毒株与BTV-4型YTS-4毒株显示了最近亲缘关系。分析其原因在于：一方面，B105/YN/1996可能发生多次基因重配，使得病毒的基因节段在进化上出现了高度的多样型，不同基因节段有着不同的最近共有祖先(most recent common ancestor，MRCA)；另一方面，中国与澳大利亚和印度之间存在频繁的牛羊及其畜产品的贸易，由此推测在中国与澳大利亚和印度之间很可能也存在着BTV的扩散，为BTV在不同地域流行毒株之间发生基因重配创造了条件。
B105/YN/1996与澳大利亚BTV-15型毒株的Seg-3、Seg-4与Seg-7在系统发生树上分别构成了独立的2个远东地域型和1个独立的东方-1型；中国的BTV-15型毒株的Seg-10则在系统发生树上形成独立的东方-2型。这些特殊地域型的发现进一步丰富了对BTV遗传多样性的认识，另一方面也显示中国与澳大利亚BTV-15型毒株的这些基因节段在起源上的独特性。BTV-25~BTV-27等3种BTV新血清型毒株的基因节段在系统发生树上形成了独立于其他血清型BTV之外的进化分枝[9-10]，研究也同时发现新血清型BTV展示了与其他不同血清型不同的感染特性，如BTV-25型在山羊上的感染持续期可长达25个月，甚至可能终生带毒[29]，BTV-26在山羊上很容易发生接触性传播而无须媒介库蠓的介导[30]。这提示特殊的基因序列很可能赋予BTV不同的感染特性，BTV-15型毒株中形成独立地域型的基因节段起源是什么，在感染特性上与其他血清型BTV是否存在不同等科学问题仍值得进一步研究。
4. 结论
本研究完成了中国分离BTV-15型毒株B105/YN/1996的全基因组测序，序列分析显示该毒株的不同基因节段在进化上具有高度多样性，不同的基因节段分别与澳大利亚、中国和印度毒株显示了最近的亲缘关系，提示该毒株为基因重配毒株；该毒株的Seg-3、-4、-7、-10形成了在系统发生树上形成独立的进化分支，进一步表明其在进化上的特殊性。研究结果丰富了对BTV遗传多样性的认识，为掌握中国BTV-15型毒株的演化和诊断试剂的开发提供了科学依据。
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图 1 BTV dsRNA及全基因组扩增产物电泳
注：1. 未做处理的dsRNA；2. S1核糖核酸酶处理的dsRNA；3. BTV-15全基因组扩增产物；M. DL 5000 Marker。
Figure 1. Electrophoresis of the BTV dsRNA and complete genome amplification product
Notes: 1. untreated dsRNA; 2. DsRNA treated by S1 ribonuclease; 3. complete genome amplification product of BTV-15; M. DL 5000 Marker.
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图 2 BTV-15型毒株(B105/YN/1996) Seg-2 和Seg-6 系统发生树
注：黑点表示本研究使用的B105/YN/1996毒株；A~L代表基因型。
Figure 2. Phylogenetic tree for Seg-2 and Seg-6 gene segments of BTV-15 (B105/YN/1996)
Notes: Black dots indicate the B105/YN/1996 used in this study; A-L represent 12 genotypes.
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图 3 BTV-15型毒株(B105/YN/1996) Seg-3和Seg-4系统发生树
注：“●”表示本研究使用的B105/YN/1996毒株；“■”表示中国分离的BTV毒株；其他国家分离的BTV毒株序列以“GenBank序列号_BTV-血清型_分离国家_病毒分离时间”表示；下同。
Figure 3. Phylogenetic tree for Seg-3 and Seg-4 gene segments of BTV-15 (B105/YN/1996)
Notes: “●” indicates the B105/YN/1996 strain used in this study; “■” indicates the BTV strains isolated from China; BTV strains isolated from other countries were indicated as “GenBank accession No._BTV serotype_isolation country_ isolation time”; the same as below.
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图 4 BTV-15型毒株(B105/YN/1996) Seg-7和Seg-10系统发生树
Figure 4. Phylogenetic tree for Seg-7 and Seg-10 gene segments of BTV-15 (B105/YN/1996)
表 1 B105/YN1996毒株基因组与编码蛋白的特征
Table 1 Characteristics of B105/YN1996 genome segments and their encoded proteins
基因节段
gene segment长度/bp
sizeORF 区
ORFs编码蛋白
protein蛋白大小
protein
lengthG+C 含量/%
G+C
content5′ NCR 长度/bp
length
of 5′ NCR3′ NCR 长度/bp
length
of 3′ NCR5′ 和3′ NCR末端序列
terminal sequences
of 5′ and 3′ NCRGenBank 登录号
GenBank
accession No.Seg-1 3944 12-3920 VP1 1302 42.37 11 24 5′-GUUAAAAUG......ACACUUAC-3′ MH346491 Seg-2 2902 17-2875 VP2 952 43.07 16 27 5′-GUUAAAAGU......AAACUUAC-3′ MH346492 Seg-3 2772 18-2723 VP3 901 45.38 17 49 5′-GUUAAAUUU......ACACUUAC-3′ MH346493 Seg-4 1981 9-1943 VP4 644 43.72 8 39 5′-GUUAAAACA......AAACUUAC-3′ MH346494 Seg-5 1763 35-1693 NS1 527 42.82 34 124 5′-GUUAAAAAA......CAACUUAC-3′ MH346495 Seg-6 1639 28-1611 VP5 552 44.97 27 28 5′-GUUAAAAAG......ACACUUAC-3′ MH346496 Seg-7 1154 18-1067 VP7 349 48.96 17 87 5′-GUUAAAAAU......AAACUUAC-3′ MH346497 Seg-8 1125 20-1084 NS2 354 44.44 19 41 5′-GUUAAAAAA......ACACUUAC-3′ MH346498 Seg-9 1052 16-1008 VP6 330 47.91 15 44 5′-GUUAAAAAA......ACACUUAC-3′ MH346499 Seg-10 822 20-709 NS3 229 46.47 19 133 5′-GUUAAAAAG......ACACUUAC-3′ MH346500 59-709 NS3a 216 
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表 2 B105/YN1996毒株全基因组序列BLAST分析
Table 2 Sequence comparisons of B105/YN1996 genome by BLAST analyses
基因节段
gene segment与 B105/YN1996 毒株各基因节段具有最近亲缘关系的毒株
closest strain with B105/YN1996 genome segment毒株
isolateGenBank 登录号
GenBank accession No.血清型
serotype国家
country序列相似度/% (核酸/氨基酸)
sequence identity (nt/aa)Seg-1/VP1 2012-38 KY485076 BTV-15 澳大利亚 Australia 96.93/99.23 Seg-2/VP2 2012-38 MF384479 BTV-15 澳大利亚 Australia 90.17/94.54 Seg-3/VP3 2012-38 MH346493 BTV-15 澳大利亚 Australia 97.33/99.33 Seg-4/VP4 2012-38 MH346493 BTV-15 澳大利亚 Australia 97.10/98.29 Seg-5/NS1 IND1992/02 KP696529 BTV-1 印度 India 99.09/99.82 Seg-6/VP2 2012-38 MF384727 BTV-15 澳大利亚 Australia 96.71/99.24 Seg-7/VP7 V447 AF172830 BTV-15 中国 China 99.90/99.43 Seg-8/NS2 YTS4 JX560420 BTV-4 中国 China 97.68/98.02 Seg-9/VP6 Y863 KC879623 BTV-1 中国 China 97.71/96.67 Seg-10/NS3 V447 AF135228 BTV-15 中国 China 99.87/99.13
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百度学术
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