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雷波野生茶树遗传多样性及亲缘关系分析

周斌, 王留彬, 徐新涛, 胡灿, 刘琴玲, 唐茜, 谭礼强

周斌, 王留彬, 徐新涛, 等. 雷波野生茶树遗传多样性及亲缘关系分析[J]. 云南农业大学学报(自然科学), 2020, 35(1): 122-129. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201904037
引用本文: 周斌, 王留彬, 徐新涛, 等. 雷波野生茶树遗传多样性及亲缘关系分析[J]. 云南农业大学学报(自然科学), 2020, 35(1): 122-129. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201904037
Bin ZHOU, Liubin WANG, Xintao XU, et al. Analysis of Genetic Diversity and Genetic Relationship of Leibo Wild Tea Resources[J]. JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY(Natural Science), 2020, 35(1): 122-129. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201904037
Citation: Bin ZHOU, Liubin WANG, Xintao XU, et al. Analysis of Genetic Diversity and Genetic Relationship of Leibo Wild Tea Resources[J]. JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY(Natural Science), 2020, 35(1): 122-129. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201904037

雷波野生茶树遗传多样性及亲缘关系分析

基金项目: 四川省重点研发项目(2018SZ0275);四川省“十三五”农畜育种攻关公益性育种研究专项
详细信息
    作者简介:

    周斌(1994—),男,河南漯河人,在读硕士研究生,主要从事茶树栽培及遗传育种研究。E-mail: 306199251@qq.com

    通信作者:

    谭礼强(1987—),男,重庆人,博士,副教授,硕士生导师,主要从事茶树遗传育种及分子生物学研究。E-mail: 14223@sicau.edu.cn

  • 中图分类号: S 571.101

摘要:
目的 了解和利用雷波野生茶树资源,并探究其演化地位。
方法 采用SSR荧光标记引物,结合毛细管电泳检测技术,首次系统分析雷波野生茶树群体的遗传多样性及其与其他5个野生茶树群体的亲缘关系。
结果 15对SSR标记在108份供试材料中共检测到89条等位基因和221种基因型,其中50份雷波茶树材料中共检测到76条等位基因、29条特有等位基因和143种基因型。以群体为单位比较时,雷波野生茶树群体的等位基因数(A)、平均单个标记基因型数、基因多样性(H)和多态性信息含量(PIC)在7个茶树群体中均为最高,分别为76、9.533 3、0.597 6和0.545 5,杂合度处于较低水平(He)为0.451 1。不同野生茶树群体间的遗传距离为0.081 8~0.255 2,雷波野生茶树群体与四川大邑野生茶树群体遗传距离最小,其次是荥经野生茶树群体,与云南凤庆野生茶树群体遗传距离最大。108份材料个体聚类分析表明:大部分来自雷波的材料聚在一起,但也有少量单株分散在四川5个野生茶树群体中;栽培型茶树品种与野生型茶树整体亲缘关系较远。
结论 雷波野生茶树群体具有丰富的遗传多样性,本研究结果为进一步开发利用该资源奠定了基础。

 

Analysis of Genetic Diversity and Genetic Relationship of Leibo Wild Tea Resources

Abstract:
Purpose The purpose was to understand and utilize the resources of Leibo wild tea tree and explore its evolutionary status.
Method We systematically analyzed the genetic diversity of Leibo wild tea and their genetic relationship with other five wild tea tree populations based on SSR fluorescent-labeled primers combined with capillary electrophoresis detection technology in this study for the first time.
Result A total of 89 alleles and 221 genotypes were detected in 108 samples with 15 pairs of SSR markers. Among the 50 Leibo tea tree samples, 76 alleles, 29 private alleles and 143 genotypes were detected. When compared by population, the alleles number (76), genotypes per marker (9.533 3), genetic diversity (0.597 6) and polymorphism information content (PIC, 0.545 5) of Leibo wild tea were the highest among the seven tea populations. The genetic distance between different wild tea tree populations was 0.081 8-0.255 2. The closest population to Leibo wild tea is Sichuan Dayi wild tea, followed by Yingjing, while the farthest is Yunnan Fengqing wild tea population. Individual cluster analysis of 108 samples showed that most of Leibo wild tea samples were clustered together, but a small number of individual plants were dispersed in five Sichuan wild tea tree groups, and the cultivated tea tree varieties were far from the wild-type tea trees.
Conclusion The Leibo wild tea tree population has rich genetic diversity, and the results of this study laid the foundation for further development and utilization of this wild tea resource.

 

  • 溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是炎症性肠病的主要形式之一,炎症始于直肠,并向结肠近端不断延伸,继而分布于部分或整个结肠中[1]。近年来,世界UC发病率呈上升趋势,症状多以腹痛、腹泻、黏液血便和里急后重为主[2]。由于UC发病机理尚不清楚,当前治疗多以缓解病情为主,临床上治疗UC的药物以5-氨基水杨酸(5-aminosalicylic acid,5-ASA)为主[3],搭配激素与免疫抑制剂,虽有一定疗效,但常伴随诸多不良反应[4]。蚯蚓作为动物性中药材在中国已有几千年的应用历史[5],《本草纲目》虫部42卷中用蚯蚓入药的处方就有40多种,如治疗口疮、刀箭伤等。有研究表明蚯蚓提取物(earthworm extracts,EE)具有抗菌消炎、促进创面愈合等作用[6-8]。本研究通过建立葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium,DSS)诱导的小鼠UC模型[9],采用不同剂量EE进行干预,探究EE能否缓解UC炎症,以期为EE抗UC药效成分的挖掘及蚯蚓药用价值的开发利用提供试验依据。

    蚯蚓:云南农业大学动物医学院卫生检测实验室自繁自养的掘穴环爪蚓。EE制备:取新鲜蚯蚓,洗净后清肠,于组织匀浆机内充分研磨,离心取上清,加入固体硫酸铵搅拌(饱和度达到80%),静置过夜,离心取沉淀,PBS溶解沉淀灌入透析袋,透析过夜,每4 h换1次透析液。透析结束后,离心取上清得到蚯蚓蛋白,测定质量浓度(蚯蚓蛋白质量浓度为2 mg/mL),按小鼠每日灌胃量分装于 1.5 mL无菌离心管中,−80 ℃保存。

    试剂:DSS,北京酷莱博生物科技有限公司;5-ASA,北京索莱宝科技有限公司;粪便隐血定性检测试剂盒,上海源叶生物科技有限公司; PrimeScript RT反转录试剂盒和TB GreenPremix,宝生物工程 (大连) 有限公司;小鼠闭锁小带蛋白1 (ZO-1)、黏蛋白2 (Muc2)和咬合蛋白 (occludin) ELISA试剂盒,上海酶免生物科技有限公司。仪器:多功能酶标仪,赛默飞世尔科技有限公司;荧光定量PCR仪,罗氏Light Cycle (Roche)。

    C57BL/6 雌性小鼠72只,SPF级,4~6周龄,体质量(19±2) g,购自河南斯克贝斯生物科技股份有限公司,许可证号码SCXK (豫) 2020-0005,动物合格证编号No.410983220100050028。将小鼠饲养于无特定病原体级(SPF级)实验动物房,使用独立通气系统,平均室温(22±2) ℃,相对湿度(55±5)%,自由饮食。

    经过1周适应期后对小鼠进行随机分组,每组小鼠12只,每笼饲养3只,不同药物均采用灌胃法处理,每天固定时间处理1次。采用3.5% DSS建立小鼠UC模型,期间用不同剂量的EE和阳性药物5-ASA连续干预小鼠9 d,于第10 天处死。每2 d更换新鲜配制的DSS溶液。

    设置6个试验组。① 空白对照组(CK):自由饮用无菌水,持续9 d,同时灌胃PBS;② UC模型组(DSS):前7 d自由饮用3.5% DSS溶液,后2 d自由饮用无菌水,同时灌胃PBS;③ 模型组+EE高剂量组(DSS+EE-H):前7 d自由饮用3.5% DSS溶液,后2 d自由饮用无菌水,同时灌胃20 mg/kg EE;④ 模型组+EE中剂量组(DSS+EE-M):前7 d自由饮用3.5% DSS溶液,后2 d自由饮用无菌水,同时灌胃10 mg/kg EE;⑤ 模型组+EE低剂量组(DSS+EE-L) :前7 d自由饮用3.5% DSS溶液,后2 d自由饮用无菌水,同时灌胃5 mg/kg EE;⑥ 模型组+阳性药物对照组(DSS+5-ASA):前7 d自由饮用3.5% DSS溶液,后2 d自由饮用无菌水,同时灌胃50 mg/kg 5-ASA。

    给药后每天观察试验小鼠的毛色、精神状态和饮食情况等,每天固定时间对小鼠称量、观察粪便性状及粪便隐血情况,参考 HAMAMOTO等[10]的方法进行疾病活动指数(disease activity index,DAI)评分(表1)。DAI总分=体质量损失评分+粪便性状评分+隐血情况评分;体质量损失= (造模后某时间点的体质量-造模前体质量) /造模前体质量×100%。

    表  1  疾病活动指数评分标准
    Table  1.  Disease activity index scoring standard
    体质量损失/%
    body weight loss
    粪便性状
    stool trait
    隐血情况
    occult blood
    分数
    score
    <1 正常
    normal

    no
    0
    [1,5] 正常
    normal

    no
    1
    (5,10] 稀便
    loose stools
    阳性
    positive
    2
    (10,15] 稀便
    loose stools
    阳性
    positive
    3
    >15 腹泻
    diarrhoea
    便血
    gross bleeding
    4
    注:正常粪便指可成形粪便,稀便指不与肛门相粘的稀状粪便,腹泻指粘于肛门的液化粪。
    Note: Normal stools mean well formed pellets, loose stools mean pasty stools that do not stick to the anus, diarrhea mean liquid stools that stick to the anus.
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    采用4%多聚甲醛固定小鼠结肠组织,石蜡包埋,并进行苏木精—伊红染色,于光学显微镜下观察病理切片,参照 EKSTRÖM[11]的标准进行损伤评分(表2)。每只小鼠的损伤总分=上皮细胞评分+炎细胞浸润评分。

    表  2  结肠组织损伤评分标准
    Table  2.  Colon tissue histopathological scores standard
    上皮细胞 epithelial cells炎细胞浸润 inflammatory cell infiltration分数 score
    正常 normal 没有浸润 no infiltrate 0
    杯状细胞丢失 loss of goblet cells 浸润在隐窝基底层 infiltrate the crypt basal layer 1
    杯状细胞大面积丢失 large areas loss of goblet cells 浸润到达黏膜肌层 infiltrate to the muscularis mucosae 2
    隐窝细胞丢失 loss of crypt cells 浸润到达黏膜肌层,明显水肿 infiltrate to the muscularis mucosae, edema 3
    隐窝细胞大面积丢失 large areas loss of crypt cells 浸润到达黏膜下层 infiltrate to submucosa 4
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    使用 TRIzol 从小鼠结肠样本中提取总RNA并进行浓度检测,采用PrimeScript RT反转录试剂盒进行反转录。按照SYBR试剂盒说明书在荧光定量PCR仪进行目标基因表达的测定,基因的表达水平采用 2−ΔΔCt 法进行计算。测定的目标基因引物序列见表3

    表  3  供试引物序列
    Table  3.  Primer sequences for test
    基因
    gene
    序列 (5′→3′)
    sequence
    GAPDH F:ACTTTGTCAAGCTCATTTCC
    R:TGCAGCGAACTTTATTGATG
    TNF-α F:ACCGTCAGCCGATTTGCTAT
    R:CCGGACTCCGCAAAGTCTAA
    IL-1β F:GGATGAGGACATGAGCACCT
    R:AGCTCATATGGGTCCGACAG
    IL-6 F:GCCTTCTTGGGACTGATGCT
    R:CTGCAAGTGCATCATCGTTGT
    IL-10 F:ACTGGCATGAGGATCAGCAG
    R:AGAAATCGATGACAGCGCCT
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    准确称取结肠组织,按质量(mg)∶体积(μL)为1∶9的比例加入9倍体积的匀浆介质(0.9%生理盐水) ,冰水浴条件下机械匀浆,制备成10%匀浆液,于2 500 ~3 000 r/min离心10 min,取上清液,根据试剂盒说明书测定ZO-1、Muc2和occludin蛋白的表达量。

    采用GraphPad Prism 9.0软件处理数据,组间比较采用单因素方差分析(ANOVA)。

    图1可知:CK组小鼠体质量持续增加,其他试验组小鼠于第2天开始体质量下降,各试验组小鼠均出现活跃度降低、精神状态不佳等情况。与CK组相比,DSS组小鼠体质量极显著下降(P<0.01);与DSS组相比,经不同剂量EE处理和5-ASA治疗后,DSS+EE-H组、DSS+EE-M组和DSS+5-ASA组小鼠体质量极显著升高 (P<0.01)、DSS+EE-L组小鼠体质量显著升高 (P<0.05)。说明EE可以缓解DSS诱导的结肠炎小鼠体质量下降。

    图  1  不同处理组小鼠体质量的变化
    注:CK. 空白对照组,DSS. 溃疡性结肠炎模型组,DSS+EE-H. 模型组+蚯蚓提取物高剂量组,DSS+EE-M. 模型组+蚯蚓提取物中剂量组,DSS+EE-L. 模型组+蚯蚓提取物低剂量组,DSS+5-ASA. 模型组+阳性药物对照组;与CK组相比,“#”表示差异显著(P<0.05),“##”表示差异极显著(P<0.01);与DSS组相比,“*”表示差异显著(P<0.05),“**”表示差异极显著(P<0.01);下同。
    Figure  1.  Changes in body weight of mice indifferent treatment groups
    Note: CK. control group, DSS. ulcerative colitis model group, DSS+EE-H. DSS+earthworm extracts high-dose group, DSS+EE-M. DSS+earthworm extracts medium-dose group, DSS+EE-L. DSS+earthworm extracts low-dose group, DSS+5-ASA. DSS+5-ASA-dose group; compared with CK group, “#” indicates significant difference (P<0.05), “##” indicates extremely significant difference (P<0.01); compared with DSS group, “*” indicates significant difference (P<0.05), “**” indicates extremely significant difference (P<0.01); the same as below.

    图2可知:CK组中小鼠体质量持续增加,大便外观正常,没有粪便隐血;随着连续摄入3.5% DSS水溶液,其他试验组小鼠逐渐出现体质量减轻、精神状态不佳、血便、腹泻等临床症状,其DAI评分明显升高。与CK组相比,DSS组小鼠DAI评分极显著增高(P<0.01),第5天开始出现便血,大便松软,到第9天时评分达到最高;与DSS组相比,DSS+EE-H组、DSS+EE-M组、DSS+EE-L组和DSS+5-ASA组小鼠的DAI评分极显著降低(P<0.01)。说明EE呈剂量依赖性降低DSS诱导的结肠炎小鼠DAI评分。

    图  2  不同处理组小鼠疾病活动指数评分
    Figure  2.  Disease activity index of mice indifferent treatment groups

    图3可知:与CK组小鼠脾脏质量相比,经DSS诱导后小鼠脾脏质量极显著增加(P<0.01),脾脏肿大;与DSS组小鼠脾脏相比,经EE处理和5-ASA治疗后,DSS±EE-H组、DSS±EE-M组、DSS+EE-L组和DSS+5-ASA组的脾脏肿大现象均得到极显著改善(P<0.01)。说明EE能在一定程度上改善DSS诱导的结肠炎小鼠脾脏肿大。

    图  3  不同处理组小鼠脾脏质量变化
    Figure  3.  Changes in spleen weight of mice in different treatment groups

    图4a可知:CK组小鼠肠道内容物形态完整,为颗粒状,无血便和稀便;而DSS组结肠肠道呈暗红色,肿胀,内容物减少,粪便形态不完整,有血便;经EE处理和5-ASA治疗后,肠道肿胀情况得以改善,粪便残留具有一定的形状,血便和稀便情况得以改善。由图4b可知:与CK组小鼠结肠长度相比,DSS组小鼠结肠长度极显著缩短(P<0.01);与DSS组相比,经EE处理和5-ASA治疗后,DSS+EE-H组和DSS+EE-M组结肠缩短现象极显著改善(P<0.01),DSS+EE-L组和DSS+5-ASA组结肠缩短现象显著改善(P<0.05)。说明EE可以改善DSS诱导的结肠炎小鼠结肠缩短,保护小鼠结肠组织。

    图  4  不同处理组小鼠结肠长度的变化
    Figure  4.  Changes in colon length of mice in different treatment groups

    图5a可知:CK组黏膜层肠上皮结构完整,上皮细胞形态结构正常、排列紧密,固有层肠腺丰富,可见较多杯状细胞,未见明显炎症。与CK组相比,DSS组黏膜层可见较大面积溃疡,肠上皮细胞及隐窝结构被破坏,杯状细胞基本消失,并伴有较多炎性细胞浸润,部分炎性细胞浸润至黏膜下层。与DSS组相比,经过EE处理和5-ASA治疗后,病变程度有较大缓解,炎性病变范围减小,隐窝结构和组织上皮细胞恢复完整,炎性浸润的程度减少。图5b可知:与CK组相比,DSS组小鼠损伤评分极显著升高(P<0.01);与DSS组相比,DSS+EE-H组和DSS+EE-M组小鼠的损伤评分极显著降低(P<0.01),DSS+5-ASA组小鼠的损伤评分显著降低(P<0.05)。说明EE可以缓解DSS诱导的小鼠结肠组织病理性损伤。

    图  5  不同处理组小鼠结肠组织学观察(200×)及损伤评分
    注:GC. 杯状细胞;IC. 炎状细胞。
    Figure  5.  Histological proximal sections and histopathological scores of colon of mice in different treatment groups
    Note: GC. goblet cell; IC. inflammatory cell.

    图6可知:与CK组相比,DSS组促炎细胞因子TNF-α、IL-6和 IL-1β以及抗炎因子IL-10的表达量极显著增加(P<0.01);与DSS组相比,经EE处理和5-ASA治疗后,促炎细胞因子TNF-α、IL-6和 IL-1β的表达量均显著或极显著下降(P<0.01或P<0.05),抗炎因子IL-10的表达量均升高,其中,DSS+EE-H组和DSS+EE-M组极显著升高(P<0.01),DSS+EE-L组显著升高(P<0.05)。说明EE可以通过调控炎症因子平衡来缓解小鼠UC,且EE对相关炎症因子的调控效果优于阳性药物5-ASA。

    图  6  EE对DSS诱导UC小鼠组织中炎症因子表达的影响
    Figure  6.  Effects of EE on the expression of inflammatory factors in the tissue of DSS induced UC mice

    图7可知:与 CK组相比,DSS组小鼠肠黏膜蛋白Muc2、ZO-1和occludin的表达量极显著降低(P<0.01)。与 DSS组相比,DSS+EE-H组、DSS+EE-M组和DSS+5-ASA组(P<0.05)的Muc2表达量显著或极显著增加(P<0.05或P<0.01);DSS+EE-H组和DSS+EE-M组的ZO-1表达量极显著增加(P<0.01);DSS+EE-H组的occludin表达量极显著增加(P<0.01)。说明EE能够增加DSS诱导UC小鼠肠黏膜蛋白Muc2、ZO-1和occludin的表达量,修复肠道屏障受损和调节肠道稳态失衡。

    图  7  EE对DSS诱导UC小鼠肠道屏障功能的影响
    Figure  7.  Effect of EE on the intestinal barrier function in DSS induced UC mice

    本研究采用自由饮用3.5% DSS诱导小鼠UC模型,小鼠在疾病发展过程中表现出与UC患者相似的症状,如体质量减轻、腹泻、活动量减少、结肠长度缩短等,与已有研究结果[9, 12]一致。DAI评分和结肠长度被认为是衡量UC严重程度的常用指标,中性粒细胞浸润和上皮细胞损伤也是UC的主要组织学特征[2]。脾脏是炎症发生严重程度的重要指标之一,炎症越严重,脾脏质量也会增大。EE处理后,小鼠DAI评分降低,体质量下降恢复,结肠长度和脾脏肿大改善,肠组织黏膜上皮损伤和炎症浸润减轻,且随着EE浓度的提高,改善效果越明显。以上结果说明EE处理对改善DSS诱导的UC小鼠临床症状和结肠病理变化具有良好的效果。

    据报道,促炎症细胞因子和抗炎症细胞因子之间的失衡在UC发病机制中起着重要的作用[13],TNF-α、IL-6和IL-1β是常见的促炎因子,IL-10是常见的抗炎因子。本研究中,DSS组抗炎因子IL-10的表达相对于正常组显著增加,这可能与自身抗炎机制激活有关,但自身抗炎机制的激活并不足以抵抗UC带来的炎症因子表达失衡。经EE处理后,TNF-α、IL-6和IL-1β表达水平降低,而IL-10表达水平升高。提示EE可以通过调节炎性细胞因子分泌减轻机体炎症反应,最终达到缓解UC的作用。

    本研究测定了小鼠结肠组织中与肠道屏障完整性相关的黏蛋白Muc2以及紧密连接蛋白ZO-1和occludin的表达情况。紧密连接是肠道屏障的重要组成部分,对维持肠上皮结构的稳定性起着重要作用,屏障功能异常是人肠道炎症的重要表征,也是发生UC的原因之一[14]。维持肠道的屏障功能可改善其防御功能,维持其免疫功能,减轻炎症,降低此类疾病复发的可能性。本研究中,DSS组小鼠的Muc2、occludin和ZO-1表达量明显降低,这与已有研究[15-16]结果一致;而经EE处理后,Muc2、occludin和ZO-1的表达量显著提升,表明EE可保护UC小鼠的结肠黏膜完整性和肠黏膜屏障功能。

    蚯蚓提取物对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的小鼠溃疡性结肠炎(UC)具有缓解作用,可减轻小鼠结肠组织炎性损伤和UC症状,保护结肠黏膜完整性和屏障功能。

  • 图  1   雷波野生茶树形态照片

    Figure  1.   Morphological features of wild tea trees located in Leibo

    图  2   基于遗传距离的7个茶树群体UPGMA聚类图

    注:FQ. 凤庆;GL. 古蔺;CZ. 崇州;DY. 大邑;YJ. 荥经;LB. 雷波;ZP. 栽培种。

    Figure  2.   UPGMA clustering map of 7 tea populations based on genetic distance

    Note: FQ. Fengqing; GL. Gulin; CZ. Chongzhou; DY. Dayi; YJ. Yingjing; LB. Leibo; ZP. cultivar.

    图  3   108份茶树资源亲缘关系图

    Figure  3.   The relationship diagram of 108 tea tree resources

    表  1   试验所用材料信息

    Table  1   The detailed information of samples used in this study

    试验材料
    experiment materials
    群体
    population
    纬度
    latitude
    经度
    longitude
    样本数
    number of samples
    LB101-LB110, LB201-LB210, LB301-LB317, LB401-LB413 四川,雷波县
    Leibo Couty, Sichuan
    N28°30′ E103°29′ 50
    CZ1-CZ7 四川,崇州市
    Chongzhou City, Sichuan
    N30°37′ E103°40′ 7
    DY1-DY9 四川,大邑县
    Dayi Couty, Sichuan
    N30°25′ E103°28′ 9
    GL1-GL9 四川,古蔺县
    Gulin Couty, Sichuan
    N28°02′ E105°48′ 9
    YJ1-YJ10 四川,荥经县
    Yingjing Couty, Sichuan
    N29°48′ E102°49′ 10
    FQ1-FQ11 云南,凤庆县
    Fengqing Couty, Yunnan
    N24°34′ E99°55′ 11
    福鼎大白茶、川茶2号、龙井43、中茶108、福选9号、铁观音、紫嫣茶、紫娟茶、马边绿、川沐217、黄金芽和安吉白茶Fudingdabaicha, Chuangcha 2, Longjing 43, Zhongcha 108, Fuxuan 9, Tieguanyin, Ziyan, Zijuan, Mabianlv, Chuanmu 217, Huangjinya and Anjibaicha 无性系栽培种
    clonal cultivar
    12
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    表  2   试验所用15对引物基本信息

    Table  2   The 15 pairs of primers used in the study

    分组group 标记位点marker locus 引物序列(5′→3′) primer sequence 荧光染料fluorescent dyes
    CsFM1051 AACCCATTTCGTCTTTGTGC FAM
    AGAATCAACAACACCCTGGC
    1 CsFM1384 CGAATCATGATGACCCACTG HEX
    CAGCGAGGGAGAAGAATGAG
    CsFM1058 CCCCTCCATCTATCTCCCTC TAMRA
    GGACTGTTGTTGGGGAAGAA
    CsFM1550 CGAGACATCGAACACCACAG FAM
    CGTATCGTAGCGGTGAAGGT
    2 CsFM1158 CGTGCCTGCATTGCTAATAA HEX
    GTACCAGTAACTGCGGGGAA
    CsFM1504 TGGTAAACGGAAAGAATGGC TAMRA
    AGCTAGCCCTGTGAAAACCA
    CsFM1604 AGGGTTTTAGGGCTACGAGG FAM
    TGATTGGAGAACACAACCGA
    3 CsFM1509 GACGATGGACCCTTCTTTGA HEX
    CATCATCATCATCCTCACCG
    CsFM1599 GGCCCTGTTTTTACACTCCA TAMRA
    GATTGGTTTCTGGTTCGCAT
    CsFM1609 GCAAAGAATTCAGCTCAGCC FAM
    CCCCCAAAGTTCATTCTTCA
    4 TM200 TTATCCAGCCAGCTTTGT HEX
    TATTGAAACCGCTTGTCG
    TM056 TTGTTGGGTAGCTTTACTTGC TAMRA
    TCAGGACGATTATGAGGATTA
    TM162 ATCGCACAGACTCTCACG FAM
    AGGCTTTTACTTCTCACAAC
    5 CsFM1349 TGGGCCAGAAGAGAAAAGAA HEX
    GGTGTTCCTGGCACTTCAAT
    TM618 CTGCGATTGCTGTTGTTGTT TAMRA
    TGATCGTGGTCACAGACGTT
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    表  3   15对引物对108份茶树资源DNA的扩增结果

    Table  3   Amplification results of 15 pairs of primers on the 108 samples

    位点
    locus
    等位基因数(A)
    allele numbers
    基因型
    genotypes
    基因多样性(H)
    gene diversity
    杂合度(He)
    heterozygosity
    多态性信息含量(PIC)
    polymorphism information content
    CsFM1051 6 19 0.767 9 0.621 4 0.733 8
    CsFM1058 8 29 0.837 1 0.777 8 0.816 9
    CsFM1384 4 7 0.553 5 0.268 5 0.482 3
    CsFM1550 6 15 0.689 3 0.629 6 0.637 6
    CsFM1158 4 8 0.543 7 0.351 9 0.480 3
    CsFM1504 5 15 0.660 1 0.311 3 0.604 7
    CsFM1509 8 18 0.794 4 0.738 3 0.764 8
    CsFM1599 7 20 0.777 4 0.719 6 0.744 2
    CsFM1604 6 11 0.498 9 0.388 9 0.463 1
    CsFM1609 5 12 0.600 5 0.555 6 0.544 4
    TM200 3 4 0.360 6 0.171 4 0.307 9
    TM056 8 17 0.716 8 0.349 5 0.665 5
    TM162 3 5 0.194 7 0.120 4 0.183 5
    CsFM1349 7 15 0.640 4 0.457 9 0.594 9
    TM618 9 26 0.803 8 0.685 2 0.776 6
    总计total 89 221
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    表  4   7个茶树群体的遗传多样性分析

    Table  4   Analysis of genetic diversity of 7 tea tree populations

    群体
    population
    等位基因数(A)
    allele number
    特有等位基因
    private allele
    基因型数
    genotypes
    基因多样性(H)
    gene diversity
    杂合度(He)
    heterozygosity
    多态性信息含量(PIC)
    polymorphism information content
    LB(50)/LB(10) 76/59.4 29/8.2 9.533 3/4.906 6 0.597 6/0.569 8 0.451 1/0.451 4 0.545 5/0.516 0
    FQ 55 10 4.800 0 0.545 5 0.461 8 0.490 3
    GL 54 3 4.266 7 0.487 9 0.524 1 0.444 2
    DY 59 4 4.533 3 0.478 6 0.466 7 0.446 7
    YJ 54 7 4.866 7 0.511 5 0.507 4 0.471 5
    CZ 51 2 3.733 3 0.449 0 0.447 6 0.410 7
    ZP 62 22 5.400 0 0.577 9 0.562 1 0.525 2
    注:“/”后值为随机抽取雷波群体10个样本5次结果的平均值。
    Note: The value of “/” is the average value of 5 results of 10 samples of random population.
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    表  5   7个茶树群体间的遗传距离

    Table  5   Genetic distance among 7 tea tree populations

    群落populations CZ DY FQ GL LB YJ ZP
    CZ **** 0.111 4 0.255 2 0.121 2 0.131 3 0.119 6 0.382 5
    DY 0.111 4 **** 0.234 9 0.126 9 0.081 8 0.105 6 0.357 7
    FQ 0.255 2 0.234 9 **** 0.210 3 0.174 1 0.228 2 0.318 0
    GL 0.121 2 0.126 9 0.210 3 **** 0.112 3 0.113 5 0.348 3
    LB 0.131 3 0.081 8 0.174 1 0.112 3 **** 0.101 5 0.265 6
    YJ 0.119 6 0.105 6 0.228 2 0.113 5 0.101 5 **** 0.361 9
    ZP 0.382 5 0.357 7 0.318 0 0.348 3 0.265 6 0.361 9 ****
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图(3)  /  表(5)
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出版历程
  • 通信作者:  谭礼强 14223@sicau.edu.cn
  • 收稿日期:  2019-04-11
  • 修回日期:  2019-10-22
  • 网络首发日期:  2019-12-31

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