利用微卫星标记分析安徽地方种猪的遗传多样性
Genetic Diversity of Anhui Local Pig Breeds Based on Microsatellite DNA Markers
-
Keywords:
- microsatellite marker /
- genetic diversity /
- genetic distance /
- local pig breed
-
安徽省地方猪遗传资源丰富，拥有皖北猪、定远猪、霍寿黑猪、圩猪、枞阳黑猪、皖南黑猪、安庆六白猪和皖南花猪等多个地方猪种，其中定远猪、皖北猪、安庆六白猪、皖南黑猪和圩猪均收录于《中国畜禽遗传资源志·猪志》[1]。由于受外来猪种和养殖效益的影响，安徽地方猪的群体规模不大，种质纯度参差不齐，保种和开发利用进程有待加强[2]。
近年来，研究人员对安徽地方猪的遗传多样性做了一些研究，如李庆岗等[3]采用30对微卫星标记分析了5个安徽省地方猪种和5个引进猪种的遗传多样性，结果发现：安徽地方猪种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种；吴圣龙等[4]通过对安徽地方猪的染色体核型分析发现：定远猪和皖南黑猪首先聚为一小类，然后再与皖南花猪聚为一类，安庆六白猪与圩猪聚为一类。这些研究虽然取得一些成果，但均没有涉及全部安徽地方猪种。为了更好地评价安徽地方猪品种的遗传多样性，并为选育方案提供科学依据，本研究采用国际动物遗传学会 (ISAG) 和联合国粮农组织 (FAO) 共同推荐的15个微卫星DNA标记[2, 5]对安徽8个地方猪种进行了遗传多样性和遗传关系分析。
1. 材料和方法
1.1 样品采集
在8个地方猪品种的主产区 (省级或国家级保种场)，根据猪场种猪系谱档案信息，考虑家系平衡，核心群的每个家系内选择体型外貌符合品种特征、年龄在6月龄以上的种猪不少于30头，采集耳组织样本，冰袋保存运送至实验室，−20 ℃冰箱保存备用。样本具体信息见表1。
表 1 8个品种样本信息Table 1. Sampling information of 8 pig breeds品种breed 数量/头quantity 采样地点collection location 皖南黑猪Wannan Black 39 安徽省宁国市Ningguo, Anhui Province 圩猪Wei 44 安徽省芜湖县Wuhu, Anhui Province 安庆六白猪Anqing Liubai 45 安徽省安庆市Anqing, Anhui Province 定远猪Dingyuan 48 安徽省定远县Dingyuan, Anhui Province 皖北猪Wanbei 40 安徽省蒙城县Mengcheng, Anhui Province 霍寿黑猪Huoshou Black 43 安徽省霍邱县Huoqiu, Anhui Province 枞阳黑猪Zongyang Black 37 安徽省枞阳县Zongyang, Anhui Province 皖南花猪Wannan Spotted 48 安徽省黄山市Huangshan, Anhui Province 1.2 试验方法
按照艾德莱DNA抽提试剂盒的说明书进行耳组织DNA提取，经浓度检测后用于PCR扩增[6]。PCR扩增反应体系为：1 μL DNA模板 (质量浓度为110~150 μg/mL)，上下游引物各1 μL (浓度为10 μmol/L)，0.25 μL 2×Taq Mix (5 U/μL) ，加ddH2O至20 μL。PCR反应程序为：95 ℃预变性5 min，35个循环，95 ℃变性30 s，48~60 ℃退火30 s，72 ℃延伸45 s，4 ℃保存。取2.5 μL PCR扩增产物与2.5 μL 6×Loading Buffer混匀，用1.5%的琼脂糖凝胶电泳进行检测(电压6 V/cm，电泳0.5~1 h)，PCR产物采用10%的聚丙烯酰胺凝胶电泳进行基因分型；用上海培清公司的全自动凝胶成像分析仪拍照获得图片，并用于后续分析；15对微卫星引物由上海生工生物工程公司合成，引物信息见表2。
表 2 引物序列信息Table 2. Primer sequence information位点
loci引物序列(5′→3′)
primer sequences等位基因范围/bp
allele size染色体
chromosomeS0115 F：TGTTCTCTGTTTCTCCTCTGTTTG；R：AAGTGGAAAGAGTCAATGGCTAT 148~164 1 S0226 F：GGTTAAACTTTTNCCCCAATACA；R：GCACTTTTAACTTTCATGATGCTCC 177~203 2 SW240 F：AGAAATTAGTGCCTCAAATTGG；R：AAACCATTAAGTCCCTAGCAAA 93~114 2 S0026 F：AACCTTCCCTTCCCAATCAC；R：CACAGACTGCTTTTTACTCC 94~116 3 S0227 F：GATCCATTTATAATTTTAGCACAAAGT；R：GCATGGTGTGATGCTATGTCAAGC 230~252 4 IGF1 F：ACCCTTGAGAGGGTATTGCTAGGC；R：GGGCAAAGATTCTGCTGAGCTG 197~213 5 S0101 F：GAATGCAAAGAGTTCAGTGTAGG；R：GTCTCCCTCACACTTACCGCAG 192~222 7 SW632 F：TGGGTTGAAAGATTTCCCAA；R：GGAGTCAGTACTTTGGCTTGA 147~174 7 S0178 F：TAGCCTGGGAACCTCCACACGCTG；R：GGCACCAGGAATCTGCAATCCAGT 116~146 8 S0225 F：GCTAATGCCAGAGAAATGCAGA；R：CAGGTGGAAAGAATGGAATGAA 10~196 8 SW951 F：TTTCACAACTCTGGCACCAG；R：GATCGTGCCCAAATGGAC 123~133 10 S0215 F：TAGGCTCAGACCCTGCTGCAT；R：TGGGAGGCTGAAGGATTGGGT 139~171 13 SW857 F：TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACC；R：GATCCTCCTCCAAATCCCAT 144~168 14 S0355 F：TCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATG；R：TTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA 244~277 15 SW936 F：TCTGGAGCTAGCATAAGTGCC；R：GTGCAAGTACACATGCAGGG 78~118 15 1.3 统计分析
使用POPGENE (Version 1.32)[7]计算等位基因频率、等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)；利用PIC-VALC (0.6)计算多态信息含量(PIC)；利用DISPAN软件包计算Nei’s标准遗传距离(Ds)[8]和遗传相似系数；使用软件NTSYS PC 2.2进行聚类分析[9]。
2. 结果与分析
2.1 微卫星座位的多态性
根据微卫星位点的聚丙烯酰胺凝胶电泳条带(图1为其中2个位点)读取对应的基因型可知：15个微卫星座位在所有的检测群体中多态性丰富。总观察等位基因数272个，平均18.133 3个；总有效等位基因数143.418 0个，平均9.561 2个；等位基因片段处于78~297 bp之间，所有位点等位基因均为多态 (大于1个等位基因)；多态信息含量在0.689 9~0.921 1之间，平均多态信息含量为0.859 2 (表3)。
![]()
图 1 圩猪S0115座位和皖南花猪S0215座位的凝胶电泳图Figure 1. PAGE detection of S0115 in Wei pigs and S0215 in Wannan spotted pigs表 3 15个微卫星座位的观察等位基因数、有效等位基因数及多态信息含量Table 3. Observed number of alleles, effective number of alleles and polymorphism information content in 15 microsatellite loci座位loci 观察等位基因数Na 有效等位基因数Ne 观测杂合度Ho 期望杂合度He 多态信息含量PIC S0227 11.000 0 3.541 1 0.377 5 0.511 7 0.689 9 S0226 11.000 0 6.370 1 0.468 4 0.660 3 0.794 1 IGF1 15.000 0 10.045 9 0.492 5 0.625 0 0.881 3 SW240 17.000 0 8.981 5 0.475 9 0.586 2 0.865 7 S0215 15.000 0 7.599 8 0.425 3 0.578 6 0.841 3 S0115 19.000 0 12.596 1 0.335 7 0.601 5 0.908 0 S0178 18.000 0 10.400 7 0.378 2 0.592 1 0.885 4 S0225 18.000 0 5.527 4 0.459 8 0.628 5 0.753 6 S0101 25.000 0 10.095 6 0.293 7 0.647 5 0.881 4 SW632 25.000 0 9.969 2 0.507 5 0.660 4 0.879 7 SW936 19.000 0 10.372 2 0.565 1 0.578 2 0.885 0 S0026 18.000 0 12.737 6 0.485 9 0.641 5 0.912 6 SW857 22.000 0 12.765 3 0.344 5 0.626 3 0.921 1 S0355 20.000 0 11.653 3 0.375 1 0.686 2 0.901 7 SW951 19.000 0 10.762 2 0.517 1 0.735 9 0.887 6 2.2 群体内遗传变异
由表4可知：8个品种的平均观察等位基因数 (Na) 为3.500 0~6.700 0，其中，安庆六白猪观察等位基因最多 (3.000 0~11.000 0)，定远猪最少 (2.000 0~6.000 0)；平均有效等位基因数 (Ne) 为2.445 1~3.786 6，其中，皖北猪有效等位基因最多 (1.129 8~8.297 1)，定远猪最少 (1.118 0~4.899 2)；平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.374 8~0.494 2和0.532 0~0.714 8之间，其中，圩猪平均观察杂合度最高、皖南花猪最低，皖北猪平均期望杂合度最高，枞阳黑猪最低；平均多态信息含量为0.369 8~0.890 6，其中，皖南花猪多态信息含量最高 (0.704 5~0.988 5)，霍寿黑猪最低 (0.158 5~0.463 5)。8个猪品种的平均期望杂合度均高于平均观察杂合度，说明各品种在所选座位上杂合度不足，纯合子个体在种群中具有较高比例。
表 4 8个品种等位基因数、杂合度及多态信息含量Table 4. Allelic number, heterozygosity and polymorphic information content of 8 pig breeds品种breed 观察等位基因数Na 有效等位基因数Ne 观察杂合度Ho 期望杂合度He 多态信息含量PIC 安庆六白猪Anqing Liubai 6.700 0 3.745 0 0.468 4 0.696 1 0.607 0 皖南花猪Wannan Spotted 5.000 0 3.331 0 0.417 1 0.675 4 0.890 6 皖北猪Wanbei 5.250 0 3.786 6 0.439 2 0.714 8 0.613 0 圩猪Wei 5.583 0 3.581 7 0.494 2 0.647 4 0.510 0 霍寿黑猪Huoshou Black 4.330 0 2.543 0 0.403 0 0.583 4 0.369 8 皖南黑猪Wannan Black 4.000 0 2.644 3 0.374 8 0.594 8 0.417 0 定远猪Dingyuan 3.500 0 2.445 1 0.394 9 0.548 0 0.522 0 枞阳黑猪Zongyang Black 4.080 0 2.473 0 0.400 5 0.532 0 0.433 0 注：表中所有品种的参数值为15个位点的均值。
Note: The parameters are mean of 15 loci.2.3 群体间遗传分析
2.3.1 F统计量及基因流
所有基因座上Fis值和平均Fis值均为正值 (表5)，说明8个地方猪群杂合子处于缺失状态，存在不同程度的近交。群体的遗传分化系数 (Fst) 为0.026 1~0.067 1，均值为0.021 4，表明有2.14%的变异来自群体间差异，97.86%的变异来自群体内差异，说明安徽地方猪的遗传变异主要在种群内部，种群间的遗传变异较低。基因流 (Nm) 在3.473 4~114.515 6之间变化，均值为11.432 2，说明群体间有不同程度的基因交流。
表 5 各座位F统计量及基因流Table 5. F statistic and gene flow in 15 microsatellite loci座位loci 群体内近交系数Fis 总群体近交系数Fit 群体间遗传分化系数Fst 基因流 Nm S0227 0.482 6 0.496 1 0.026 1 9.343 6 S0226 0.448 1 0.462 1 0.026 7 9.113 3 IGF1 0.773 3 0.787 5 0.063 5 3.687 0 SW240 0.495 8 0.511 6 0.031 3 7.744 9 S0215 0.200 3 0.214 0 0.017 1 14.369 9 S0115 0.654 1 0.657 2 0.009 0 27.634 1 S0178 0.568 5 0.575 4 0.016 0 15.374 9 S0225 0.516 8 0.527 6 0.022 2 11.006 8 S0101 0.688 8 0.700 5 0.037 7 6.390 1 SW632 0.424 7 0.430 2 0.009 5 25.999 0 SW936 0.412 9 0.414 2 0.002 2 114.515 6 S0026 0.296 1 0.302 2 0.007 1 34.961 3 SW857 0.718 3 0.737 2 0.067 1 3.473 4 S0355 0.642 5 0.651 1 0.023 9 10.204 4 SW951 0.249 1 0.260 2 0.014 0 17.607 1 平均值mean 0.504 8 0.515 1 0.021 4 11.432 2 由表6可知：各品种之间的遗传分化系数为0.004 4~0.781 1，基因流为0.070 1~56.568 2。其中，皖北猪跟皖南花猪之间基因流最小 (0.070 1)，圩猪和枞阳黑猪之间基因流最大 (56.568 2)。
表 6 品种间的遗传分化系数和基因流Table 6. The paired index of genetic differentiation and gene flow among 8 pig breeds品种
breed安庆六白猪
Anqing Liubai皖南花猪
Wannan Spotted皖北猪
Wanbei圩猪
Wei霍寿黑猪
Huoshou Black皖南黑猪
Wannan Black定远猪
Dingyuan枞阳黑猪
Zongyang Black安庆六白猪Anqing Liubai — 4.375 8 0.115 0 0.170 9 0.154 9 0.428 4 0.139 0 0.459 2 皖南花猪Wannan Spotted 0.054 0 — 2.330 0 1.034 7 1.211 1 0.345 1 1.464 7 0.323 4 皖北猪Wanbei 0.691 6 0.096 9 — 0.224 8 0.277 3 0.070 1 0.314 3 0.070 1 圩猪Wei 0.593 9 0.194 6 0.526 5 — 2.825 0 1.679 0 0.653 2 56.568 2 霍寿黑猪Huoshou Black 0.617 4 0.171 1 0.474 1 0.081 3 — 1.679 0 0.942 7 5.688 2 皖南黑猪Wannan Black 0.368 5 0.420 1 0.781 1 0.129 6 0.129 6 — 0.946 2 0.873 6 定远猪Dingyuan 0.642 7 0.145 8 0.443 0 0.276 8 0.209 6 0.209 0 — 1.421 1 枞阳黑猪Zongyang Black 0.352 5 0.436 0 0.626 9 0.004 4 0.042 1 0.222 5 0.149 6 — 注：左下角为遗传分化系数，右上角为基因流。
Note: Numerals in below and above diagonal of the table indicate the index of genetic differentiation (Fst) and gene flow (Nm), respectively.2.3.2 遗传距离与聚类分析
枞阳黑猪与皖南黑猪遗传距离最近(0.192 8)、遗传相似系数最高(0.807 2)，皖南黑猪与安庆六白遗传距离最远(0.351 3)、遗传相似系数最低(0.648 7) (表7)。基于Nei氏遗传距离和遗传相似系数，可将8个猪种分成两大类群：一类为皖南花猪；另一类又聚为两小支，一小支为安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪，另一小支为皖北猪、皖南黑猪、枞阳黑猪和定远猪(图2)。
表 7 8个猪品种的Nei氏标准遗传距离和遗传相似系数Table 7. The genetic similarity coefficient and the Nei’s standard genetic distance of 8 pig breeds品种
breed安庆六白猪
Anqing Liubai皖南花猪
Wannan Spotted皖北猪
Wanbei圩猪
Wei霍寿黑猪
Huoshou
Black皖南黑猪
Wannan
Black定远猪
Dingyuan枞阳黑猪
Zongyang Black安庆六白猪Anqing Liubai — 0.319 2 0.312 1 0.236 2 0.256 0 0.351 3 0.316 2 0.306 6 皖南花猪Wannan Spotted 0.680 8 — 0.261 1 0.318 9 0.321 2 0.311 5 0.327 1 0.313 8 皖北猪Wanbei 0.687 9 0.738 9 — 0.280 7 0.270 9 0.230 4 0.282 0 0.232 7 圩猪Wei 0.763 8 0.681 1 0.719 3 — 0.261 1 0.310 1 0.291 7 0.307 9 霍寿黑猪Huoshou Black 0.744 0 0.678 8 0.729 1 0.738 9 — 0.297 5 0.275 4 0.222 2 皖南黑猪Wannan Black 0.648 7 0.688 5 0.769 6 0.689 9 0.702 5 — 0.273 8 0.192 8 定远猪Dingyuan 0.683 8 0.672 9 0.718 0 0.708 3 0.724 6 0.726 2 — 0.230 4 枞阳黑猪Zongyang Black 0.693 4 0.686 2 0.767 3 0.692 1 0.777 8 0.807 2 0.769 6 — 注：左下角为遗传相似系数，右上角为遗传距离。
Note: The genetic similarity coefficient in bottom left and the genetic distance in upper right. Numerals in below and above diagonal of the table indicate the genetic similarity coefficient and the Nei’s standard genetic distance (D), respectively.3. 讨论
3.1 群体内遗传多样性
8个品种平均等位基因为3.500 0~6.700 0，有效等位基因为2.445 1~3.786 6。除安庆六白之外，其他7个群体的平均等位基因数和有效等位基因数差异不大，等位基因分布较均匀，说明在品种内有稳定的遗传。平均期望杂合度数值越大则说明群体遗传变异性越高，相反则说明遗传一致性越高、遗传多样性越丰富[10-11]。8个种群平均期望杂合度为0.532 9~0.714 8，结合前人研究结果[2, 5, 12]可知：安徽地方猪种遗传一致性处于中等水平，遗传多样性较丰富；其中，枞阳黑猪和定远猪的平均期望杂合度最低，说明这两个群体遗传变异性最大；8个品种的平均观察杂合度均低于平均期望杂合度，说明群体内纯合子个体比例较高，群体间有一定程度的近交，这可能与种公猪数量较少、血统来源比较单一有关。BOTSTEIN等[13]提出：当多态性信息含量(PIC)>0.5时，基因座呈高度多态；当0.25< PIC<0.5时，基因座呈中度多态；当PIC<0.25时，基因座呈低度多态。8个品种中，除皖南黑猪和枞阳黑猪处于中度多态外，其余均处于高度多态，且以皖南花猪的多态信息含量最丰富。8个品种的PIC值(0.369 8~0.890 6)和有效等位基因数(2.445 1~3.786 6)与中国其他地方猪种，如金华猪[14]、山猪[15]、巴马香猪[16]、通城猪和清平猪[17]、五指山猪[18]等相比基本处于偏上水平，可见安徽地方猪种遗传多样性较丰富。
3.2 群体间遗传分化
F统计量包括总群体固定指数(Fit)、亚群体固定指数(Fis)和亚群体间基因分化率(Fst)，是衡量群体遗传分化和近交程度的重要指标。其中Fis为亚群体中基因型实际频率与理论频率的偏差；Fit为总群体中基因型实际频率与理论频率的偏差[19]。各微卫星位点上的平均Fis (0.504 8)低于平均Fit (0.515 1)，表明总群体的稳定性高于亚群体。由于基因座上Fis值和平均Fis值均为正值，表明8个地方猪种群处于杂合子缺失状态，有不同程度的近亲交配。基因座(除IGF1和SW857外)的Fst值基本都处于0.05以下，平均Fst值为0.021 4，说明品种间遗传分化程度较低[20]，仅有2.14%的遗传变异直接来源于群体间的差异，而97.86%遗传变异来源于群体中个体之间的差异。与中国其他地方猪种[2, 5]、欧洲猪种[21]和北美洲猪种[22]相比，安徽地方猪Fst值处于较低水平。
基于遗传距离的聚类可将安徽8个地方猪种分成两大类：一类为皖南花猪，另一类的一支为安庆六白、圩猪和霍寿黑猪，另一支为皖北猪、皖南黑猪、枞阳黑猪和定远猪。《中国畜禽遗传资源志·猪志》[1]中将霍寿黑猪归属于定远猪品种，但本研究中定远猪和霍寿黑猪亲缘关系较远，这可能跟微卫星位点的选择、样本数量及分析方法有关[23]，结果尚需进一步分析验证。皖南花猪原属于皖浙花猪的1个类群，产区位于安徽最南部的黄山市，与浙江毗邻，产区多山、道路崎岖，形成相对封闭的育种环境，故本研究中皖南花猪自成一类符合实际情况。
本研究利用15对微卫星标记分析了安徽省全部8个地方猪种的遗传多样性和遗传关系。结果表明：安徽地方猪种遗传一致性处于中等水平，遗传多样性较丰富，具有很高的开发利用价值和潜力。各品种内存在不同程度的近交，品种间遗传分化程度较低，提示在保种过程中应扩充育种家系和种群规模，避免不必要的近交。基于遗传距离的聚类分析将产区位于安徽最南部黄山市的、育种环境相对封闭的皖南花猪与其他7个品种区分开来，与地理位置分布基本符合。本研究结果可为安徽地方猪的遗传资源保护和开发利用提供重要的理论参考。
-
![]()
图 1 圩猪S0115座位和皖南花猪S0215座位的凝胶电泳图
Figure 1. PAGE detection of S0115 in Wei pigs and S0215 in Wannan spotted pigs
表 1 8个品种样本信息
Table 1 Sampling information of 8 pig breeds
品种breed 数量/头quantity 采样地点collection location 皖南黑猪Wannan Black 39 安徽省宁国市Ningguo, Anhui Province 圩猪Wei 44 安徽省芜湖县Wuhu, Anhui Province 安庆六白猪Anqing Liubai 45 安徽省安庆市Anqing, Anhui Province 定远猪Dingyuan 48 安徽省定远县Dingyuan, Anhui Province 皖北猪Wanbei 40 安徽省蒙城县Mengcheng, Anhui Province 霍寿黑猪Huoshou Black 43 安徽省霍邱县Huoqiu, Anhui Province 枞阳黑猪Zongyang Black 37 安徽省枞阳县Zongyang, Anhui Province 皖南花猪Wannan Spotted 48 安徽省黄山市Huangshan, Anhui Province 
下载: 导出CSV
表 2 引物序列信息
Table 2 Primer sequence information
位点
loci引物序列(5′→3′)
primer sequences等位基因范围/bp
allele size染色体
chromosomeS0115 F：TGTTCTCTGTTTCTCCTCTGTTTG；R：AAGTGGAAAGAGTCAATGGCTAT 148~164 1 S0226 F：GGTTAAACTTTTNCCCCAATACA；R：GCACTTTTAACTTTCATGATGCTCC 177~203 2 SW240 F：AGAAATTAGTGCCTCAAATTGG；R：AAACCATTAAGTCCCTAGCAAA 93~114 2 S0026 F：AACCTTCCCTTCCCAATCAC；R：CACAGACTGCTTTTTACTCC 94~116 3 S0227 F：GATCCATTTATAATTTTAGCACAAAGT；R：GCATGGTGTGATGCTATGTCAAGC 230~252 4 IGF1 F：ACCCTTGAGAGGGTATTGCTAGGC；R：GGGCAAAGATTCTGCTGAGCTG 197~213 5 S0101 F：GAATGCAAAGAGTTCAGTGTAGG；R：GTCTCCCTCACACTTACCGCAG 192~222 7 SW632 F：TGGGTTGAAAGATTTCCCAA；R：GGAGTCAGTACTTTGGCTTGA 147~174 7 S0178 F：TAGCCTGGGAACCTCCACACGCTG；R：GGCACCAGGAATCTGCAATCCAGT 116~146 8 S0225 F：GCTAATGCCAGAGAAATGCAGA；R：CAGGTGGAAAGAATGGAATGAA 10~196 8 SW951 F：TTTCACAACTCTGGCACCAG；R：GATCGTGCCCAAATGGAC 123~133 10 S0215 F：TAGGCTCAGACCCTGCTGCAT；R：TGGGAGGCTGAAGGATTGGGT 139~171 13 SW857 F：TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACC；R：GATCCTCCTCCAAATCCCAT 144~168 14 S0355 F：TCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATG；R：TTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA 244~277 15 SW936 F：TCTGGAGCTAGCATAAGTGCC；R：GTGCAAGTACACATGCAGGG 78~118 15
下载: 导出CSV
表 3 15个微卫星座位的观察等位基因数、有效等位基因数及多态信息含量
Table 3 Observed number of alleles, effective number of alleles and polymorphism information content in 15 microsatellite loci
座位loci 观察等位基因数Na 有效等位基因数Ne 观测杂合度Ho 期望杂合度He 多态信息含量PIC S0227 11.000 0 3.541 1 0.377 5 0.511 7 0.689 9 S0226 11.000 0 6.370 1 0.468 4 0.660 3 0.794 1 IGF1 15.000 0 10.045 9 0.492 5 0.625 0 0.881 3 SW240 17.000 0 8.981 5 0.475 9 0.586 2 0.865 7 S0215 15.000 0 7.599 8 0.425 3 0.578 6 0.841 3 S0115 19.000 0 12.596 1 0.335 7 0.601 5 0.908 0 S0178 18.000 0 10.400 7 0.378 2 0.592 1 0.885 4 S0225 18.000 0 5.527 4 0.459 8 0.628 5 0.753 6 S0101 25.000 0 10.095 6 0.293 7 0.647 5 0.881 4 SW632 25.000 0 9.969 2 0.507 5 0.660 4 0.879 7 SW936 19.000 0 10.372 2 0.565 1 0.578 2 0.885 0 S0026 18.000 0 12.737 6 0.485 9 0.641 5 0.912 6 SW857 22.000 0 12.765 3 0.344 5 0.626 3 0.921 1 S0355 20.000 0 11.653 3 0.375 1 0.686 2 0.901 7 SW951 19.000 0 10.762 2 0.517 1 0.735 9 0.887 6
下载: 导出CSV
表 4 8个品种等位基因数、杂合度及多态信息含量
Table 4 Allelic number, heterozygosity and polymorphic information content of 8 pig breeds
品种breed 观察等位基因数Na 有效等位基因数Ne 观察杂合度Ho 期望杂合度He 多态信息含量PIC 安庆六白猪Anqing Liubai 6.700 0 3.745 0 0.468 4 0.696 1 0.607 0 皖南花猪Wannan Spotted 5.000 0 3.331 0 0.417 1 0.675 4 0.890 6 皖北猪Wanbei 5.250 0 3.786 6 0.439 2 0.714 8 0.613 0 圩猪Wei 5.583 0 3.581 7 0.494 2 0.647 4 0.510 0 霍寿黑猪Huoshou Black 4.330 0 2.543 0 0.403 0 0.583 4 0.369 8 皖南黑猪Wannan Black 4.000 0 2.644 3 0.374 8 0.594 8 0.417 0 定远猪Dingyuan 3.500 0 2.445 1 0.394 9 0.548 0 0.522 0 枞阳黑猪Zongyang Black 4.080 0 2.473 0 0.400 5 0.532 0 0.433 0 注：表中所有品种的参数值为15个位点的均值。
Note: The parameters are mean of 15 loci.
下载: 导出CSV
表 5 各座位F统计量及基因流
Table 5 F statistic and gene flow in 15 microsatellite loci
座位loci 群体内近交系数Fis 总群体近交系数Fit 群体间遗传分化系数Fst 基因流 Nm S0227 0.482 6 0.496 1 0.026 1 9.343 6 S0226 0.448 1 0.462 1 0.026 7 9.113 3 IGF1 0.773 3 0.787 5 0.063 5 3.687 0 SW240 0.495 8 0.511 6 0.031 3 7.744 9 S0215 0.200 3 0.214 0 0.017 1 14.369 9 S0115 0.654 1 0.657 2 0.009 0 27.634 1 S0178 0.568 5 0.575 4 0.016 0 15.374 9 S0225 0.516 8 0.527 6 0.022 2 11.006 8 S0101 0.688 8 0.700 5 0.037 7 6.390 1 SW632 0.424 7 0.430 2 0.009 5 25.999 0 SW936 0.412 9 0.414 2 0.002 2 114.515 6 S0026 0.296 1 0.302 2 0.007 1 34.961 3 SW857 0.718 3 0.737 2 0.067 1 3.473 4 S0355 0.642 5 0.651 1 0.023 9 10.204 4 SW951 0.249 1 0.260 2 0.014 0 17.607 1 平均值mean 0.504 8 0.515 1 0.021 4 11.432 2
下载: 导出CSV
表 6 品种间的遗传分化系数和基因流
Table 6 The paired index of genetic differentiation and gene flow among 8 pig breeds
品种
breed安庆六白猪
Anqing Liubai皖南花猪
Wannan Spotted皖北猪
Wanbei圩猪
Wei霍寿黑猪
Huoshou Black皖南黑猪
Wannan Black定远猪
Dingyuan枞阳黑猪
Zongyang Black安庆六白猪Anqing Liubai — 4.375 8 0.115 0 0.170 9 0.154 9 0.428 4 0.139 0 0.459 2 皖南花猪Wannan Spotted 0.054 0 — 2.330 0 1.034 7 1.211 1 0.345 1 1.464 7 0.323 4 皖北猪Wanbei 0.691 6 0.096 9 — 0.224 8 0.277 3 0.070 1 0.314 3 0.070 1 圩猪Wei 0.593 9 0.194 6 0.526 5 — 2.825 0 1.679 0 0.653 2 56.568 2 霍寿黑猪Huoshou Black 0.617 4 0.171 1 0.474 1 0.081 3 — 1.679 0 0.942 7 5.688 2 皖南黑猪Wannan Black 0.368 5 0.420 1 0.781 1 0.129 6 0.129 6 — 0.946 2 0.873 6 定远猪Dingyuan 0.642 7 0.145 8 0.443 0 0.276 8 0.209 6 0.209 0 — 1.421 1 枞阳黑猪Zongyang Black 0.352 5 0.436 0 0.626 9 0.004 4 0.042 1 0.222 5 0.149 6 — 注：左下角为遗传分化系数，右上角为基因流。
Note: Numerals in below and above diagonal of the table indicate the index of genetic differentiation (Fst) and gene flow (Nm), respectively.
下载: 导出CSV
表 7 8个猪品种的Nei氏标准遗传距离和遗传相似系数
Table 7 The genetic similarity coefficient and the Nei’s standard genetic distance of 8 pig breeds
品种
breed安庆六白猪
Anqing Liubai皖南花猪
Wannan Spotted皖北猪
Wanbei圩猪
Wei霍寿黑猪
Huoshou
Black皖南黑猪
Wannan
Black定远猪
Dingyuan枞阳黑猪
Zongyang Black安庆六白猪Anqing Liubai — 0.319 2 0.312 1 0.236 2 0.256 0 0.351 3 0.316 2 0.306 6 皖南花猪Wannan Spotted 0.680 8 — 0.261 1 0.318 9 0.321 2 0.311 5 0.327 1 0.313 8 皖北猪Wanbei 0.687 9 0.738 9 — 0.280 7 0.270 9 0.230 4 0.282 0 0.232 7 圩猪Wei 0.763 8 0.681 1 0.719 3 — 0.261 1 0.310 1 0.291 7 0.307 9 霍寿黑猪Huoshou Black 0.744 0 0.678 8 0.729 1 0.738 9 — 0.297 5 0.275 4 0.222 2 皖南黑猪Wannan Black 0.648 7 0.688 5 0.769 6 0.689 9 0.702 5 — 0.273 8 0.192 8 定远猪Dingyuan 0.683 8 0.672 9 0.718 0 0.708 3 0.724 6 0.726 2 — 0.230 4 枞阳黑猪Zongyang Black 0.693 4 0.686 2 0.767 3 0.692 1 0.777 8 0.807 2 0.769 6 — 注：左下角为遗传相似系数，右上角为遗传距离。
Note: The genetic similarity coefficient in bottom left and the genetic distance in upper right. Numerals in below and above diagonal of the table indicate the genetic similarity coefficient and the Nei’s standard genetic distance (D), respectively.
下载: 导出CSV
-
[1] 国家畜禽遗传资源委员会. 中国畜禽遗传资源志·猪志[M]. 北京: 中国农业出版社, 2011. [2] 白小青, 范首君, 王金勇, 等. 5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析[J]. 畜牧兽医学报, 2010, 41(12): 1515. DOI: 10.1515/JOC.2010.31.2.75. [3] 李庆岗, 王重龙, 杨家军, 等. 5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析[J]. 养猪, 2018(3): 67. DOI: 10.3969/j.issn.1002-1957.2018.03.024. [4] 吴圣龙, 包文斌, 束婧婷, 等. 安徽地方猪种间核型近似系数和进化距离的聚类分析[J]. 中国畜牧杂志, 2006, 42(21): 4. DOI: 10.3969/j.issn.0258-7033.2006.21.002. [5] 张桂香, 王志刚, 孙飞舟, 等. 56个中国地方猪种微卫星基因座的遗传多样性[J]. 遗传学报, 2003, 30(3): 225. [6] KUNHAREANG S, ZHOU H, HICKFORD J G H. Rapid DNA extraction of pig ear tissues[J]. Meat Science, 2010, 85(3): 589. DOI: 10.1016/j.meatsci.2010.02.028.
[7] YEH F C, YANG R, BOYLE T. POPGENE Version 1.32 Microsoft Windows-based Freeware for population genetic analysis[M]. Edmonton: University of Alberta, 1999.
[8] HILLIS D M. Misuse and modification of Nei’s genetic distance[J]. Systematic Zoology, 1984, 33(2): 238. DOI: 10.2307/2413023.
[9] ROHLF F J. NTSYS-pc: microcomputer programs for numerical taxonomy and multivariate analysis[J]. The American Statistician, 1987, 41(4): 330. DOI: 10.2307/2684761.
[10] 李宏俊, 张晶晶, 袁秀堂, 等. 利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异[J]. 生态学报, 2016, 36(2): 499. DOI: 10.5846/stxb201409151822. [11] 张相伦, 游伟, 靳青, 等. 4个肉牛品种微卫星多态性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2018, 45(1): 162. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2018.01.021. [12] 商海涛, 牛荣, 魏泓, 等. 三品系小型猪35个微卫星基因座的遗传学研究[J]. 遗传, 2001, 23(1): 17. DOI: 10.3321/j.issn:0253-9772.2001.01.006. [13] BOTSTEIN D, WHITE R L, SKOLNICK M, et al. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms[J]. American Journal of Human Genetics, 1980, 32(3): 314.
[14] 赵晓枫, 吴俊红, 徐宁迎, 等. 金华猪遗传结构及其与太湖猪遗传分化的研究[J]. 生物多样性, 2008, 16(4): 339. DOI: 10.3321/j.issn:1005-0094.2008.04.004. [15] 伍革民, 许晓风, 章熙霞, 等. 利用微卫星PCR技术分析山猪的遗传结构[J]. 云南农业大学学报(自然科学), 2008, 23(1): 79. DOI: 10.16211/j.issn.1004-390X(n).2008.01.028. [16] 牛荣, 商海涛, 黄中波, 等. 贵州小型香猪和广西巴马小型猪微卫星位点的遗传学分析[J]. 四川动物, 2002, 21(4): 227. DOI: 10.3969/j.issn.1000-7083.2002.04.005. [17] 樊斌, 李奎, 彭中镇, 等. 湖北省三品种猪27个微卫星座位的遗传变异[J]. 生物多样性, 1999, 7(2): 91. DOI: 10.3321/j.issn:1005-0094.1999.02.002. [18] 王希龙, 欧江涛, 黄礼光, 等. 海南五指山猪遗传多样性的微卫星分析[J]. 生物多样性, 2005, 13(1): 20. DOI: 10.3321/j.issn:1005-0094.2005.01.003. [19] MOURALI-CHEBIL S, HEYER E. Evolution of inbreeding coefficients and effective size in the population of Saguenay Lac-St.-Jean (Québec)[J]. Human Biology, 2006, 78(4): 495. DOI: 10.1353/hub.2006.0056.
[20] POWELL J R. Evolution and the genetics of populations, Vol. 4: variability within and among natural populations by Sewall Wright[J]. American Scientist, 1979, 67(1): 108. DOI: 10.2307/27849092.
[21] LAVAL G, IANNUCCELLI N, LEGAULT C, et al. Genetic diversity of eleven European pig breeds[J]. Genetics Selection Evolution, 2000, 32(2): 187. DOI: 10.1186/1297-9686-32-2-187.
[22] LEMUS-FLORES C, ULLOA-ARVIZU R, RAMOS-KURI M, et al. Genetic analysis of Mexican hairless pig populations[J]. Journal of Animal Science, 2001, 79(12): 3021. DOI: 10.2527/2001.79123021x.
[23] 闫路娜, 张德兴. 种群微卫星DNA分析中样本量对各种遗传多样性度量指标的影响[J]. 动物学报, 2004, 50(2): 279. DOI: 10.3969/j.issn.1674-5507.2004.02.019. -
期刊类型引用(5)
1. 李雪婷，董林，王重龙，刘林清，张威，苏世广，周学利，周梅. 黟县黑猪微卫星遗传多样性分析. 上海农业学报. 2024(04): 74-80 . 
百度学术
2. 龙熙，潘红梅，张亮，陈红跃，刘贵平，王震，郭宗义. 中国地方猪遗传多样性研究进展. 中国畜牧杂志. 2023(06): 67-74 . 百度学术
3. 余姣姣，刘家斌，徐永涛，吴永胜，杨雪，齐桂兰. 成都麻羊种群微卫星标记遗传多样性评估. 四川林业科技. 2021(01): 130-136 . 百度学术
4. 刘莉君，章晓炜，马敏彪，陆建定，王珍珍，卢立志，刘雅丽. 绍兴鸭小群保种效果的分子生物学监测. 浙江农业科学. 2021(10): 2091-2094 . 百度学术
5. 张显波，傅建军，胡锦丽，朱文彬，闵倩雯，赵飞，吴俣学，董在杰. 基于D-loop序列和SSR的从江田鱼与6个鲤群体的遗传分析. 贵州农业科学. 2021(12): 76-85 . 百度学术
其他类型引用(4)
计量
- 文章访问数: 2473
- PDF下载量: 25
- 被引次数: 9
