非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族的分子进化研究
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关键词:
- 非洲兽总目 /
- 核糖核酸酶基因超家族 /
- 基因复制 /
- 等电点 /
- 分子进化
Molecular Evolution of the RNASE A in Afrotheria
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Keywords:
- Afrotheria /
- RNASE A /
- gene duplication /
- isoelectric point /
- molecular evolution
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猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)引起的一种猪病毒性传染病,患病的怀孕母猪发生流产、死胎、木乃伊胎等繁殖障碍,其他年龄段的猪感染该病毒后出现严重的呼吸系统疾病[1-2]。由于 PRRSV具有易变异、抗体依赖性增强(antibody dependent enhancement,ADE)和免疫抑制等特点,全球养猪业以及猪肉的食品安全面临着严峻的挑战。PRRSV主要在猪肺泡巨噬细胞(porcine alveolar macrophages,PAMs)中复制繁殖[3],因此,PAMs在PRRSV的研究中具有关键作用。
干扰素(interferon,IFN)是一类抗病毒细胞因子,在病毒感染早期,干扰素由病毒诱导细胞产生,具有较强保护力。根据分子结构、免疫原性和受体特异性的不同可将IFN分为I型、II型和III型,其中干扰素调节因子3 (interferon regulation factors 3,IRF3)和干扰素调节因子7 (interferon regulation factors 7,IRF7)在干扰素产生的信号通路中发挥着关键作用。IFN-γ作为先天性和适应性免疫反应的重要介质,能够清除外来病原体及肿瘤。 IFN-γ具有抗病毒作用,同时还能介导巨噬细胞活化,增加其吞噬作用,促进促炎细胞因子产生、增加微生物活性氧以及氮物质的产生,进而清除细胞内的病原体[4]。有研究发现:PRRSV感染宿主细胞后仅能检测到低水平的IFN-γ[5],而重组pIFN-γ不但能有效抑制PRRSV,同时还对免疫抑制猪具有良好免疫调节作用,增强疫苗的免疫效果[6]。因此,本试验就PRRSV云南株体外感染PAMs后对IFN-γ及其信号分子mRNA转录量的变化进行检测,旨在为PRRSV的免疫抑制机制和防控提供理论依据和技术支持。
1. 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 病毒
TCID50为105.06 mL−1的PRRSV云南株YN-2011由本实验室分离纯化保存(登录号:JX857698)[7]。
1.1.2 细胞
PAMs从健康仔猪肺脏中分离得到[8]。
1.2 方法
1.2.1 试验分组
将分离的PAMs以2×106 mL−1的密度铺在6孔板于37 ℃、5% CO2培养。将培养的PAMs分为对照组和PRRSV组,PRRSV组加PRRSV病毒悬液100 μL,对照组加等量的1640培养液。分别在感染后的6、12、24、48、60 h收集 PAMs及其上清液,−80 ℃保存,每组设3个重复。
1.2.2 PAMs上清中IFN-γ的质量浓度检测
按照Swine IFN-γ ELISA Kit试剂盒说明书进行样品的处理和检测。
1.2.3 IFN-γ及其信号分子mRNA转录水平的检测
采用TRIzol提取各组细胞总RNA,按照PrimeScriptTM RT reagent Kit with gDNA Eraser试剂盒说明将RNA逆转录成cDNA,并以其为模板,利用本实验室建立的 qPCR 进行检测。引物由上海生工合成(表1)。
表 1 荧光定量PCR引物序列Table 1. Real-tine PCR primer sequences基因gene 引物序列 primer sequence 退火温度/℃ T m 目的片段/bp fragment size β-actin F:5′-GATGAGATTGGCATGGCTTT-3′ 52 122 R:5′-CACCTTCACCGTTCCAGTTT -3′ PRRSV F:5′-GTCAGACATCACTTTACCCCTAG-3′ 60 123 R:5′-CTCCACAGTGTAACTTATCCTCC-3′ IFN-γ F:5′-GGCCATTCAAAGGAGCATGG-3′ 60 147 R:5′-AGTTCACTGATGGCTTTGCG-3′ IRF-3 F:5′-GGTGCCTACACTCCTGG-3′ 60 105 R:5′-GTGGTCCTCTGCTAAACG-3′ IRF-7 F:5′-CGCCTCCTGGAAAACCAA-3′ 60 76 R:5′-CCCTGAGTTGTCCTGCAACA-3′ 1.2.4 数据分析
所有数据用“mean±SD”表示,应用SPSS 17.0软件进行单因素方差分析。
2. 结果与分析
2.1 感染后第24小时不同处理组PAMs形态
图1显示:正常组贴壁的PAMs呈圆形,细胞质丰富;PRRSV感染组的PAMs在24 h可见细胞变圆、聚集,并随着时间的延长最后出现脱落、悬浮、崩解、破碎和死亡。
2.2 PAMs上清液IFN-γ的质量浓度
检测不同时间点PAMs上清液中IFN-γ的质量浓度(图2)可知:PRRSV组IFN-γ的质量浓度与对照组相比无显著性差异。PRRSV组IFN-γ的生成量在6~48 h逐渐升高,48 h达到最大值,6 h时IFN-γ的质量浓度低于对照组。
2.3 PRRSV mRNA转录水平的动态变化
由图3可知:PRRSV组PRRSV的mRNA转录水平在感染后的6~24 h逐渐升高,48 h时转录水平有所下调,60 h时再次升高。
2.4 PAMs中IFN-γmRNA转录水平
由图4可知:PRRSV组IFN-γ的mRNA转录量在感染后6~48 h逐渐升高,48 h时达到最大值,在6 h时IFN-γ mRNA转录水平显著低于正常对照组,24、48 h时显著高于对照组IFN-γ mRNA转录水平,到60 h又恢复到正常对照组水平。
2.5 PAMs中IRF3和IRF7mRNA转录水平
运用qPCR方法检测不同处理组IRF3和IRF7 mRNA相对转录量。根据2−ΔΔCt可以得出对照组的数据为1。结果(表2)显示:PRRSV组中IRF3的mRNA转录量在6、12、24 h时低于正常对照组,48 h时转录水平高于正常对照组IRF3的 mRNA转录量,而到60 h时又显著低于正常对照组;PRRSV组IRF7的mRNA转录量在24 h时达到最大值且显著高于对照组,但在12、48、60 h时均显著低于正常对照组。
表 2 IRF3和IRF7 mRNA在各组不同时间点的转录水平Table 2. The transcription levels of IRF3 and IRF7 mRNA in each group at different time points基因
gene培养时间/h culture time 6 12 24 48 60 IRF3 0.56±0.055 0.62±0.165 0.97±0.014 1.12±0.082 0.49±0.155* IRF7 1.02±0.189 0.43±0.066** 1.48±0.246** 0.41±0.034** 0.55±0.038** 注:与同一时间点的对照组比较,*.P<0.05,**.P<0.01。
Note: Compared with control group at the same time, *.P<0.05, **.P<0.01.2.6 IFN-γ与IRF3和IRF7 mRNA转录水平相关性分析
如图5所示:PRRSV组IFN-γ与IRF3和IRF7 mRNA转录水平相关系数分别为|R|=0.96和|R|=0.04。根据|R|∈[0.1, 0.3)为弱相关,|R|∈[0.3, 0.5)为中等相关,|R|∈[0.5, 1.0]为强相关,得出IFN-γ与IRF3基因mRNA转录水平呈强正相关与IRF3基因呈正相关。
3. 讨论
PRRSV感染机体后出现的免疫学症状与适应性免疫应答的低效表达有关。研究表明:由病毒诱导产生的特异性IFN-γ可作为细胞免疫功能评价的重要指标,用于病毒感染后宿主免疫机制的研究[9]。本研究运用qRT-PCR和ELISA检测PRRSV感染PAMs后对IFN-γ的影响发现:PRRSV组IFN-γ mRNA转录水平在24、48 h时显著高于对照组,这一结果与前人研究的用PRRSV感染从支气管肺泡灌洗液中分离得的细胞后,其IFN-γ表达水平高于感染前的表达水平的结果[10]相类似。但IFN-γ的生成量与对照组相比却无显著性差异。研究发现:不同毒力的PRRSV毒株诱导IFN-γ的能力存在差异[11]。PATRICIA等[10]和HAN等[12]的研究发现:PRRSV高致病性毒株刺激IFN-γ生成的能力显著高于PRRSV经典毒株。IFN-γ主要是由活化的CD4+Th1 、CD8+T细胞产生,巨噬细胞产生IFN-γ的能力较弱。
IRF3和IRF7是主要的抗病毒转录因子,无论机体通过何种模式识别受体或何种信号通路来识别病原体,最终均能活化IRF3和IRF7。研究发现:PRRSV的Nsp1、Nsp2、Nsp11、结构蛋白N和GP5蛋白可以通过不同的途径来抑制IRF3的产生,尤其对于猪肺泡巨噬细胞和单核细胞等易感细胞[13-15]。本研究运用qRT-PCR检测PRRSV感染PAMs后对IRF3和IRF7的影响发现:PRRSV组中IRF3的mRNA转录水平随着感染时间的延长逐渐升高,但均低于对照组,IRF7mRNA转录水平在12、48、60 h时显著低于对照组,说明PRRSV体外感染PAMs后可抑制IRF3和IRF7 mRNA转录水平。另外,本研究发现PRRSV组中IFN-γ mRNA转录水平与IRF3 mRNA转录水平存在强正相关关系,与IRF7 mRNA存在弱正相关关系。研究表明:IFN-γ能增加巨噬细胞的吞噬作用和促进MHCI及II类分子的表达,提高抗原递呈功能[16]。
本研究表明:PRRSV在感染PAMs过程中不刺激IFN-γ的分泌,但对IFN-γ mRNA的转录在24 h内抑制,后上调其转录水平,在60 h时又被抑制。
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表 1 非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族成员基因数
Table 1 The numbers of the RNASE A members in the Afrotheria
目
order物种
species简写
abbreviationR1 R2/3 R4 R5 R6 R7/8 R9 R10 R11 R12 R13 R14 R15 合计
total长鼻目[11]
Proboscidea大象
Loxodonta africanaLa 1(2) (1) 1 (1) 3 1(1) 1 1 1 1 1 (1) 0 11(6) 海牛目
Sirenia海牛
Trichechus manatus latirostrisTl (1) (1) 1 (1) 1 1(1) 1 1 1 1 1 (1) 0 8(5) 蹄兔目
Hyracoidea蹄兔
Procavia capensisPc 0 0 1 (1) 1 1 1 1 1 1 1 0 0 8(1) 非洲蝟目
Afrosoricida金毛鼹
Chrysochloris asiaticaCa 1 0 1 1 1 1(1) 0 1 1 1 1 0 0 9(1) 非洲蝟目
Afrosoricida小马岛猬
Echinops telfairiEt 1 0 1 1 1 (1) 1 1 (1) 1 1 0 0 8(2) 象鼩目
Macroscelidea埃氏象鼩
Elephantulus edwardiiEe 0 1 1 1 1 1(1) (1) 1 1 1 1 0 0 9(2) 管齿目
Tubulidentata土豚
Orycteropus aferOa 1 0 2 1 1 1(1) 1 1 1 1 1 0 0 10(2) 注:“R”表示“RNase”,未带括号和括号内数字分别表示真基因数和假基因数。
Note:“R” stands for “RNase”, numbers of pseudogenes and function gene are in and outside the parentheses, respectively.表 2 非洲兽总目RNASE A等电点(pI)
Table 2 The isoelectric points (pI) of the Afrotheria RNASE A
基因gene 等电点pI 等电点平均值average of the pI 基因gene 等电点pI 等电点平均值average of the pI Ca_RNase1 7.7 8.035 Et_RNase9 6.48 7.42 Oa_RNase1 7.7 La_RNase9 7.8 La_RNase1 8.68 Tl_RNase9 8.65 Et_RNase1 8.06 Oa_RNase9 7.08 Ee_RNase2/3 8.55 8.55 Pc_RNase9 7.09 Ca_RNase4 8.38 8.23 Ee_RNase10 5.86 5.30 Ee_RNase4 8.56 Ca_RNase10 5.17 Oa_RNase4A 8.47 Et_RNase10 5.45 Oa_RNase4B 7.6 La_RNase10 5.07 Et_RNase4 8.21 Oa_RNase10 5.03 La_RNase4 8.28 Tl_RNase10 5.3 Pc_RNase4 8.14 Pc_RNase10 5.27 Tl_RNase4 9.17 Ee_RNase11 7.98 6.36 Ee_RNase5 8.81 8.80 Oa_RNase11 5.49 Oa_RNase5 8.39 Pc_RNase11 6.03 Ca_RNase5 8.91 La_RNase11 5.8 Et_RNase5 9.07 Tl_RNase11 6.34 La_RNase6A 8.24 7.78 Ca_RNase11 6.49 La_RNase6B 7.34 Pc_RNase12 7.11 6.75 La_RNase6C 8.14 Tl_RNase12 6.18 Pc_RNase6 7.7 La_RNase12 6.83 Ee_RNase6 7.77 Ca_RNase12 6.24 Oa_RNase6 7.43 Oa_RNase12 7.5 Ca_RNase6 7.92 Ee_RNase12 6.86 Tl_RNase6 7.44 Et_RNase12 6.55 Et_RNase6 8.03 Ca_RNase13 7.72 7.42 Ca_RNase7/8 8.30 8.16 Ee_RNase13 7.71 Tl_RNase7/8 8.17 Et_RNase13 7.09 Ee_RNase7/8 9.02 La_RNase13 7.86 La_RNase7/8 8.76 Oa_RNase13 6.54 Pc_RNase7/8 8.64 Pc_RNase13 7.52 Oa_RNase7/8 6.05 Tl_RNase13 7.51 -
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