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非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族的分子进化研究

郎大田, 刘松菊, 柯曾杰, 刘娜

郎大田, 刘松菊, 柯曾杰, 等. 非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族的分子进化研究[J]. 云南农业大学学报(自然科学), 2018, 33(5): 867-876. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201807004
引用本文: 郎大田, 刘松菊, 柯曾杰, 等. 非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族的分子进化研究[J]. 云南农业大学学报(自然科学), 2018, 33(5): 867-876. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201807004
Datian LANG, Songju LIU, Zengjie KE, et al. Molecular Evolution of the RNASE A in Afrotheria[J]. JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY(Natural Science), 2018, 33(5): 867-876. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201807004
Citation: Datian LANG, Songju LIU, Zengjie KE, et al. Molecular Evolution of the RNASE A in Afrotheria[J]. JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY(Natural Science), 2018, 33(5): 867-876. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201807004

非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族的分子进化研究

基金项目: 云南省科技厅应用基础研究项目青年项目(2017FD48);云南省教育厅科学研究基金指导性项目(2017ZDX037)
详细信息
    作者简介:

    郎大田(1987—),男,云南昭通人,硕士,讲师,主要从事动物遗传与分子进化研究。E-mail: Langdt_ztu@163.com

摘要:
目的 追溯和揭示非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族(RNASE A)的分子进化。
方法 以Blastn与tBlastn方法分析鉴定7个非洲兽总目物种RNASE A成员;利用ClustalX和MEGA 7.0软件比对翻译RNASE A功能基因的氨基酸序列;基于http://isoelectric.ovh.org在线预测功能基因等电点;利用MrBayes v3.1.2.构建BI系统发育树。
结果 分析鉴定获得82条RNASE A序列,包含64条功能基因和18条假基因;RNASE A序列长度377~654 bp,典型RNASE A序列特征在RNase1~8中相对保守,而在非典型的成员RNase9~13变异位点多;各物种基因的等电点在5.03~9.17之间;长鼻目大象(Loxodonta africana) RNase1RNase6和管齿目土豚(Orycteropus afer) RNase4发生基因复制,大象RNase1经历了“生与灭”的进化模式。
结论 首次深入开展非洲兽总目RNASE A分子进化研究,增加对该基因超家族的认识,为后续研究奠定了基础。

 

Molecular Evolution of the RNASE A in Afrotheria

Abstract:
Purposes To trace and demonstrate the molecular evolution of RNASE A in Afrotheria.
Methods RNASE A sequences were identified in 7 Afrotheria species using Blastn and tBlastn methods, then functional sequences were translated to proteins by ClustalX and MEGA 7. We predicted the isoelectric point (pI) of each protein on the web (http://isoelectric.ovh.org). Phylogenetic tree was reconstructed using MrBayes v3.1.2.
Result We obtained 82 RNASE A sequences that include 64 functional genes and 18 pseudogenes. These sequences range from 377 to 654 bp in length. The trait of RNASE A is relative conserved in RNase1−8, whereas it is variable in the non-typical RNASE A members (RNase9−13). The isoelectric points range from 5.03 to 9.17. Gene duplications of RNase1, RNase6 and RNase4 were identified in the Loxodonta africana and Orycteropus afer, respectively. The evolution pattern of the " birth and death” was identified in L. africana.
Conclusions We firstly denomstrated the molecular evolution of the Afrotheria RNASE A, increasing the understanding of the RNASE A and established foundation for the future studies.

 

  • 猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)引起的一种猪病毒性传染病,患病的怀孕母猪发生流产、死胎、木乃伊胎等繁殖障碍,其他年龄段的猪感染该病毒后出现严重的呼吸系统疾病[1-2]。由于 PRRSV具有易变异、抗体依赖性增强(antibody dependent enhancement,ADE)和免疫抑制等特点,全球养猪业以及猪肉的食品安全面临着严峻的挑战。PRRSV主要在猪肺泡巨噬细胞(porcine alveolar macrophages,PAMs)中复制繁殖[3],因此,PAMs在PRRSV的研究中具有关键作用。

    干扰素(interferon,IFN)是一类抗病毒细胞因子,在病毒感染早期,干扰素由病毒诱导细胞产生,具有较强保护力。根据分子结构、免疫原性和受体特异性的不同可将IFN分为I型、II型和III型,其中干扰素调节因子3 (interferon regulation factors 3,IRF3)和干扰素调节因子7 (interferon regulation factors 7,IRF7)在干扰素产生的信号通路中发挥着关键作用。IFN-γ作为先天性和适应性免疫反应的重要介质,能够清除外来病原体及肿瘤。 IFN-γ具有抗病毒作用,同时还能介导巨噬细胞活化,增加其吞噬作用,促进促炎细胞因子产生、增加微生物活性氧以及氮物质的产生,进而清除细胞内的病原体[4]。有研究发现:PRRSV感染宿主细胞后仅能检测到低水平的IFN-γ[5],而重组pIFN-γ不但能有效抑制PRRSV,同时还对免疫抑制猪具有良好免疫调节作用,增强疫苗的免疫效果[6]。因此,本试验就PRRSV云南株体外感染PAMs后对IFN-γ及其信号分子mRNA转录量的变化进行检测,旨在为PRRSV的免疫抑制机制和防控提供理论依据和技术支持。

    TCID50为105.06 mL−1的PRRSV云南株YN-2011由本实验室分离纯化保存(登录号:JX857698)[7]

    PAMs从健康仔猪肺脏中分离得到[8]

    将分离的PAMs以2×106 mL−1的密度铺在6孔板于37 ℃、5% CO2培养。将培养的PAMs分为对照组和PRRSV组,PRRSV组加PRRSV病毒悬液100 μL,对照组加等量的1640培养液。分别在感染后的6、12、24、48、60 h收集 PAMs及其上清液,−80 ℃保存,每组设3个重复。

    按照Swine IFN-γ ELISA Kit试剂盒说明书进行样品的处理和检测。

    采用TRIzol提取各组细胞总RNA,按照PrimeScriptTM RT reagent Kit with gDNA Eraser试剂盒说明将RNA逆转录成cDNA,并以其为模板,利用本实验室建立的 qPCR 进行检测。引物由上海生工合成(表1)。

    表  1  荧光定量PCR引物序列
    Table  1.  Real-tine PCR primer sequences
    基因gene 引物序列 primer sequence 退火温度/℃ T m 目的片段/bp fragment size
    β-actin F:5′-GATGAGATTGGCATGGCTTT-3′ 52 122
    R:5′-CACCTTCACCGTTCCAGTTT -3′
    PRRSV F:5′-GTCAGACATCACTTTACCCCTAG-3′ 60 123
    R:5′-CTCCACAGTGTAACTTATCCTCC-3′
    IFN-γ F:5′-GGCCATTCAAAGGAGCATGG-3′ 60 147
    R:5′-AGTTCACTGATGGCTTTGCG-3′
    IRF-3 F:5′-GGTGCCTACACTCCTGG-3′ 60 105
    R:5′-GTGGTCCTCTGCTAAACG-3′
    IRF-7 F:5′-CGCCTCCTGGAAAACCAA-3′ 60 76
    R:5′-CCCTGAGTTGTCCTGCAACA-3′
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    所有数据用“mean±SD”表示,应用SPSS 17.0软件进行单因素方差分析。

    图1显示:正常组贴壁的PAMs呈圆形,细胞质丰富;PRRSV感染组的PAMs在24 h可见细胞变圆、聚集,并随着时间的延长最后出现脱落、悬浮、崩解、破碎和死亡。

    图  1  24 h各组细胞的观察(200×)
    Figure  1.  PAMs in different treatment groups for 24 h under inverted microscope

    检测不同时间点PAMs上清液中IFN-γ的质量浓度(图2)可知:PRRSV组IFN-γ的质量浓度与对照组相比无显著性差异。PRRSV组IFN-γ的生成量在6~48 h逐渐升高,48 h达到最大值,6 h时IFN-γ的质量浓度低于对照组。

    图  2  不同时间点不同处理IFN-γ质量浓度(ρ)变化
    Figure  2.  The change of IFN-γ mass concentrations at different time points

    图3可知:PRRSV组PRRSV的mRNA转录水平在感染后的6~24 h逐渐升高,48 h时转录水平有所下调,60 h时再次升高。

    图  3  PRRSV mRNA转录水平
    注/Note: **. P<0.01。
    Figure  3.  The transcription levels of PRRSV mRNA

    图4可知:PRRSV组IFN-γ的mRNA转录量在感染后6~48 h逐渐升高,48 h时达到最大值,在6 h时IFN-γ mRNA转录水平显著低于正常对照组,24、48 h时显著高于对照组IFN-γ mRNA转录水平,到60 h又恢复到正常对照组水平。

    图  4  IFN-γ mRNA在各组不同时间点的转录水平
    注/Note: **. P<0.01。
    Figure  4.  The transcription levels of IFN-γ mRNA in each group at different time points

    运用qPCR方法检测不同处理组IRF3IRF7 mRNA相对转录量。根据2−ΔΔCt可以得出对照组的数据为1。结果(表2)显示:PRRSV组中IRF3的mRNA转录量在6、12、24 h时低于正常对照组,48 h时转录水平高于正常对照组IRF3的 mRNA转录量,而到60 h时又显著低于正常对照组;PRRSV组IRF7的mRNA转录量在24 h时达到最大值且显著高于对照组,但在12、48、60 h时均显著低于正常对照组。

    表  2  IRF3IRF7 mRNA在各组不同时间点的转录水平
    Table  2.  The transcription levels of IRF3 and IRF7 mRNA in each group at different time points
    基因
    gene
    培养时间/h culture time
    6 12 24 48 60
    IRF3 0.56±0.055 0.62±0.165 0.97±0.014 1.12±0.082 0.49±0.155*
    IRF7 1.02±0.189 0.43±0.066** 1.48±0.246** 0.41±0.034** 0.55±0.038**
    注:与同一时间点的对照组比较,*.P<0.05,**.P<0.01。
    Note: Compared with control group at the same time, *.P<0.05, **.P<0.01.
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    图5所示:PRRSV组IFN-γIRF3IRF7 mRNA转录水平相关系数分别为|R|=0.96和|R|=0.04。根据|R|∈[0.1, 0.3)为弱相关,|R|∈[0.3, 0.5)为中等相关,|R|∈[0.5, 1.0]为强相关,得出IFN-γIRF3基因mRNA转录水平呈强正相关与IRF3基因呈正相关。

    图  5  PRRSV组IFN-γIRF3IRF7基因转录水平相关性分析
    Figure  5.  IFN-γ and IRF3 and IRF7 correlation with the transcription in PRRSV groups

    PRRSV感染机体后出现的免疫学症状与适应性免疫应答的低效表达有关。研究表明:由病毒诱导产生的特异性IFN-γ可作为细胞免疫功能评价的重要指标,用于病毒感染后宿主免疫机制的研究[9]。本研究运用qRT-PCR和ELISA检测PRRSV感染PAMs后对IFN-γ的影响发现:PRRSV组IFN-γ mRNA转录水平在24、48 h时显著高于对照组,这一结果与前人研究的用PRRSV感染从支气管肺泡灌洗液中分离得的细胞后,其IFN-γ表达水平高于感染前的表达水平的结果[10]相类似。但IFN-γ的生成量与对照组相比却无显著性差异。研究发现:不同毒力的PRRSV毒株诱导IFN-γ的能力存在差异[11]。PATRICIA等[10]和HAN等[12]的研究发现:PRRSV高致病性毒株刺激IFN-γ生成的能力显著高于PRRSV经典毒株。IFN-γ主要是由活化的CD4+Th1 、CD8+T细胞产生,巨噬细胞产生IFN-γ的能力较弱。

    IRF3和IRF7是主要的抗病毒转录因子,无论机体通过何种模式识别受体或何种信号通路来识别病原体,最终均能活化IRF3和IRF7。研究发现:PRRSV的Nsp1、Nsp2、Nsp11、结构蛋白N和GP5蛋白可以通过不同的途径来抑制IRF3的产生,尤其对于猪肺泡巨噬细胞和单核细胞等易感细胞[13-15]。本研究运用qRT-PCR检测PRRSV感染PAMs后对IRF3IRF7的影响发现:PRRSV组中IRF3的mRNA转录水平随着感染时间的延长逐渐升高,但均低于对照组,IRF7mRNA转录水平在12、48、60 h时显著低于对照组,说明PRRSV体外感染PAMs后可抑制IRF3IRF7 mRNA转录水平。另外,本研究发现PRRSV组中IFN-γ mRNA转录水平与IRF3 mRNA转录水平存在强正相关关系,与IRF7 mRNA存在弱正相关关系。研究表明:IFN-γ能增加巨噬细胞的吞噬作用和促进MHCI及II类分子的表达,提高抗原递呈功能[16]

    本研究表明:PRRSV在感染PAMs过程中不刺激IFN-γ的分泌,但对IFN-γ mRNA的转录在24 h内抑制,后上调其转录水平,在60 h时又被抑制。

  • 图  1   非洲兽总目RNASE A氨基酸序列

    注:箭头:结构半光氨酸;倒三角形:催化活性氨基酸;长方形:功能区“CKXXNTF”。

    Figure  1.   The RNASE A of the Afrotheria amino acid sequences

    Note: The structure cysteine sites are indicated by the arrows, catalytic triad motif is indicated by the triangle, while rectangle marked the CKXXNTF motif.

    图  2   基于非洲兽总目RNASE A构建的BI树

    注:不同的符号表示不同成员。

    Figure  2.   Reconstructed BI tree based on Afrotheria RNASE A

    Note:Different members of the RNASE A were indicated by different symbols.

    表  1   非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族成员基因数

    Table  1   The numbers of the RNASE A members in the Afrotheria


    order
    物种
    species
    简写
    abbreviation
    R1 R2/3 R4 R5 R6 R7/8 R9 R10 R11 R12 R13 R14 R15 合计
    total
    长鼻目[11]
    Proboscidea
    大象
    Loxodonta africana
    La 1(2) (1) 1 (1) 3 1(1) 1 1 1 1 1 (1) 0 11(6)
    海牛目
    Sirenia
    海牛
    Trichechus manatus latirostris
    Tl (1) (1) 1 (1) 1 1(1) 1 1 1 1 1 (1) 0 8(5)
    蹄兔目
    Hyracoidea
    蹄兔
    Procavia capensis
    Pc 0 0 1 (1) 1 1 1 1 1 1 1 0 0 8(1)
    非洲蝟目
    Afrosoricida
    金毛鼹
    Chrysochloris asiatica
    Ca 1 0 1 1 1 1(1) 0 1 1 1 1 0 0 9(1)
    非洲蝟目
    Afrosoricida
    小马岛猬
    Echinops telfairi
    Et 1 0 1 1 1 (1) 1 1 (1) 1 1 0 0 8(2)
    象鼩目
    Macroscelidea
    埃氏象鼩
    Elephantulus edwardii
    Ee 0 1 1 1 1 1(1) (1) 1 1 1 1 0 0 9(2)
    管齿目
    Tubulidentata
    土豚
    Orycteropus afer
    Oa 1 0 2 1 1 1(1) 1 1 1 1 1 0 0 10(2)
    注:“R”表示“RNase”,未带括号和括号内数字分别表示真基因数和假基因数。
    Note:“R” stands for “RNase”, numbers of pseudogenes and function gene are in and outside the parentheses, respectively.
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    表  2   非洲兽总目RNASE A等电点(pI)

    Table  2   The isoelectric points (pI) of the Afrotheria RNASE A

    基因gene 等电点pI 等电点平均值average of the pI 基因gene 等电点pI 等电点平均值average of the pI
    Ca_RNase1 7.7 8.035 Et_RNase9 6.48 7.42
    Oa_RNase1 7.7 La_RNase9 7.8
    La_RNase1 8.68 Tl_RNase9 8.65
    Et_RNase1 8.06 Oa_RNase9 7.08
    Ee_RNase2/3 8.55 8.55 Pc_RNase9 7.09
    Ca_RNase4 8.38 8.23 Ee_RNase10 5.86 5.30
    Ee_RNase4 8.56 Ca_RNase10 5.17
    Oa_RNase4A 8.47 Et_RNase10 5.45
    Oa_RNase4B 7.6 La_RNase10 5.07
    Et_RNase4 8.21 Oa_RNase10 5.03
    La_RNase4 8.28 Tl_RNase10 5.3
    Pc_RNase4 8.14 Pc_RNase10 5.27
    Tl_RNase4 9.17 Ee_RNase11 7.98 6.36
    Ee_RNase5 8.81 8.80 Oa_RNase11 5.49
    Oa_RNase5 8.39 Pc_RNase11 6.03
    Ca_RNase5 8.91 La_RNase11 5.8
    Et_RNase5 9.07 Tl_RNase11 6.34
    La_RNase6A 8.24 7.78 Ca_RNase11 6.49
    La_RNase6B 7.34 Pc_RNase12 7.11 6.75
    La_RNase6C 8.14 Tl_RNase12 6.18
    Pc_RNase6 7.7 La_RNase12 6.83
    Ee_RNase6 7.77 Ca_RNase12 6.24
    Oa_RNase6 7.43 Oa_RNase12 7.5
    Ca_RNase6 7.92 Ee_RNase12 6.86
    Tl_RNase6 7.44 Et_RNase12 6.55
    Et_RNase6 8.03 Ca_RNase13 7.72 7.42
    Ca_RNase7/8 8.30 8.16 Ee_RNase13 7.71
    Tl_RNase7/8 8.17 Et_RNase13 7.09
    Ee_RNase7/8 9.02 La_RNase13 7.86
    La_RNase7/8 8.76 Oa_RNase13 6.54
    Pc_RNase7/8 8.64 Pc_RNase13 7.52
    Oa_RNase7/8 6.05 Tl_RNase13 7.51
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出版历程
  • 收稿日期:  2018-07-03
  • 修回日期:  2018-09-24
  • 网络首发日期:  2018-08-31

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